梁琼麟 

清华大学   化学系

教授， 博士生导师

工作履历

学术兼职

研究领域

药物分析，药品质量与安全，中药现代化

研究概况

以微流控芯片及其与质谱、光谱联用分析技术为基础，发展生命分析与药物分析新方法，开发生物医用新材料新器件，发明器官类器官芯片新模型，致力于服务国家药品质量与安全、新药创制以及中药现代化研究与开发。近年来重点聚焦于器官类器官芯片、单细胞亚细胞分析及基于质谱的多组学分析等。曾主持完成国家重大科技专项第一个微流控芯片药物研发关键技术项目，在器官芯片核心关键技术及血管、肝、肾、肠等器官芯片模型研究方面取得重要进展。2016-2020年间以第一发明人申请发明专利16项（授权8项），以通讯作者在Nat. Protoc., Adv. Mater., Anal. Chem., Lab Chip等重要学术期刊上发表SCI论文59篇（14篇IF>10）。工作以来累计发表SCI论文180余篇，Web of Science引用5000余次，发明专利30余项。部分研究成果已在制药企业、临床医院得到广泛应用，曾合作获得国家科技进步二等奖3项。

成果奖励

2018世界中医药学会联合会中医药国际贡献奖（2/10）

2016国家科技进步二等奖（3/10）

2015中华中医药学会科学技术进步一等奖(3/15)

2014国家科技进步二等奖(8/10)

2013广西科技进步二等奖（6/10）

2012北京市科技进步二等奖（4/10）

2007国家科学技术进步二等奖(7/10)

学术论文（Selected Recent Publications）

1. Xie RX, Liang Z, Ai YJ, Zheng WC, Xiong JL, Xu PD, Liu YP, Ding MY, Gao JY, Wang Jiaping, and Liang QL*. Composable microfluidic spinning platforms for facile production of biomimetic perfusable hydrogel microtubes. Nature Protocols 2020, 15, doi.org/10.1038/s41596-020-00442-9
2. Xie RX, Korolj A, Liu C, Song X, Lu R, Zhang BY, Ramachandran A, Liang QL*, Radisic M*. h-FIBER: Microfluidic topographical hollow fiber for studies of glomerular filtration barrier. ACS Central Science 2020, 6, 903-912, doi.org/10.1021/acscentsci.9b01097
3. Xie RX, Zheng WC, Guan LD, Ai YJ, Liang QL*. Engineering of Hydrogel Materials with Perfusable Microchannels for Building Vascularized Tissues. Small 2020, 16(15), 1902838.
4. Ai YJ, Xie RX, Xiong JL, Liang QL*. Microfluidics for Biosynthesizing: from Droplets and Vesicles to Artificial Cells. Small2020, 16(9),1903940.
5. Xiong Jl, Xie RX, Wang Y, Wang CL, Ai YJ, Zheng WC, Ding MY, Gao JY, Wang JP, and Liang QL*. Nitrite-Responsive Hydrogel: Smart Drug Release Depending on the Severity of the Nitric Oxide-Related Disease. ACS Appl. Mater. Inter. 2020,12, 51185
6. Li JF, Liu L, Ai YJ, Liu Y, Sun HB*, Liang QL*. Self-Polymerized Dopamine-Decorated Au NPs and Coordinated with Fe-MOF as a Dual Binding Sites and Dual Signal-Amplifying Electrochemical Aptasensor for the Detection of CEA. ACS Applied Materials & Interfaces2020,12(5), 5500-5510
7. Ai YJ, Hu ZN, Liu L, Zhou JJ, Long Y, Li JF, Ding MY, Sun HB*, Liang QL*. Magnetically Hollow Pt Nanocages with Ultrathin Walls as a Highly Integrated Nanoreactor for Catalytic Transfer Hydrogenation Reaction. Advanced Science2019, 6 (7), 1802132.
8. Wang Y, Shao ZX, Zheng WC, Xie YY, Luo GA, Ding MY, Liang QL*. A 3D construct of the intestinal canal with wrinkle morphology on a centrifugation configuring microfluidic chip. Biofabrication2019, 11 (4), 045001.
9. Ai YJ, Zhang F, Wang CL, Xie RX, Liang QL*. Recent progress in lab-on-a-chip for pharmaceutical analysis and pharmacological/toxicological test. TrAC-Trends in Analytical Chemistry2019, 117, 215-230.
10. Xie RX, Xu PD, Liu YP, Li LL, Luo GA, Ding MY and Liang QL*. Necklace-Like Microfibers with Variable Knots and Perfusable Channels Fabricated by an Oil-Free Microfluidic Spinning Process. Advanced Materials, 2018, 30, 1705082.
11. Zhang F, Xiong LG, Ai YJ, Liang Z and Liang QL*. Stretchable Multi-responsive Hydrogel with Actuatable, Shape memory and Self-healing Properties. Advanced Science, 2018, 5, 1800450.
12. Li LL, Li YQ, Shao ZX, Luo GA, Ding MY and Liang QL*. Simultaneous Assay of Oxygen-Dependent Cytotoxicity and Genotoxicity of Anticancer Drugs on an Integrated Microchip.Analytical Chemistry, 2018,90(20), 11899-11907.
13. Ma LD, Wang YT, Wang JR, Wu JL, Meng XS, Hu P, Mu X, Liang QL* and Luo GA*. Design and Fabrication of a Liver-on-a-chip Platform for Convenient, Highly Efficient, and Safe in Situ Perfusion Culture of 3D Hepatic Spheroids. Lab on a Chip, 2018, 18, 2547 -2562.
14. Yang SH, Zhang FF, Liang QL* and Wang ZH*. A Three-Dimensional Graphene-Based Ratiometric Signal Amplification Apta sensor for MUC1 Detection. Biosensors & Bioelectronics, 2018, 120, 85-92.
15. Yang SH, Zhang FF, Wang ZH* and Liang QL*. A Graphene Oxide-based Label-free Electrochemical Aptasensor for the Detection of Alpha-fetoprotein. Biosensors & Bioelectronics, 2018, 112, 186-192.
16. Ai YJ, He MQ, Zhang F, Long Y, Li YZ, Han Q, Ding MY, Sun HB* and Liang QL*. Metallo-supramolecular Polymer Engineered Porous Carbon Framework Encapsulated Stable Ultra-small Nanoparticles: a General Approach to Construct Highly Dispersed Catalysts.Journal of Materials Chemistry A, 2018, 6, 16680-16689.
17. Long Y, Han Q, Yang ZQ, Ai YJ, Sun SA, Wang Y, Liang QL* and Ding MY*. A Novel Solvent-free Strategy for the Synthesis of Bismuth Oxyhalides. Journal of Materials Chemistry A, 2018, 6, 13005-13011.
18. Xu PD, Xie RX, Liu YP, Li LL, Luo GA, Ding MY and Liang QL*. Bioinspired Microfibers with Embedded Perfusable Helical Channels. Advanced Materials, 2017, 29, 1701664.
19. Zhou BJ, Li YZ, Niu GL, Lan MH, Jia QY, Liang QL*. Near-Infrared Organic Dye-Based Nanoagent for the Photothermal Therapy of Cancer. ACS Applied Materials & Interfaces, 2016, 8, 29899-29905.
20. Li LL, Wang WX, Ding MY, Luo GA and Liang QL*. Single-Cell-Arrayed Agarose Chip for in Situ Analysis of Cytotoxicity and Genotoxicity of DNA Cross-Linking Agents. Analytical Chemistry, 2016, 88, 6734-6742.

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江瑞 

清华大学   自动化系

副教授

教育经历

1997年          获清华大学自动化系学士学位

2002年          获清华大学自动化系博士学位

2002-2007年     分别在香港科技大学和美国南加州大学进行博士后研究工作

2007-至今        在清华大学自动化系工作

研究方向

主要从事生物信息学与系统生物学方面的研究。

代表论文

Chen Y, Jiang T, Jiang R. Uncover disease genes by maximizing information flow in the phenome-interactome network. Bioinformatics. 2011, 27:i167-i176.

Zhang WS, Chen Y, Sun FZ, Jiang R. DomainRBF: a Bayesian regression approach to the prioritization of candidate domains for complex diseases. BMC Systems Biology. 2011, 5:55.

Feng JX, Jiang R, Jiang T. A max-flow based approach to the identification of protein complexes using protein interaction and microarray data. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2011, 8: 621-634,

Zhang WS, Sun FZ, Jiang R. Integrating multiple protein-protein interaction networks to prioritize disease genes: A Bayesian regression approach. BMC Bioinformatics. 2011, 12(Supp 1):S11.

Hao XL, Jiang R, Chen T. Clustering 16S rRNA for OTU prediction: A method of unsupervised Bayesian clustering. Bioinformatics. 2011, 27: 611-618.

Bao SY, Jiang R, Kwan WK, Wang BB, Ma X. Song YQ. Evaluation of next-generation sequencing software in mapping and assembly. Journal of Human Genetics. 2011, 56:406-414.

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蒋国强 

清华大学   化学工程系

副教授

教育经历

2001年          获清华大学获得化学与工艺学士学位

2005年          获得清华大学化学工程博士学位

2005-2007年     在清华大学化学工程专业进行博士后学习

2008年          任清华大学化工系副教授

研究方向

研究方向主要为：1）药物输送系统和生物材料：主要包括聚合物分散系统的控释理论和技术，温敏凝胶原位植入药物控释系统，细胞靶向载药纳米粒及细胞摄取过程动力学，以及以上给药系统的骨架材料。近年来承担了2项国家自然科学基金项目、2项教育部项目、以及多项企业合作项目。提出了微粒结构与释药动力学、细胞摄取动力学的作用机制；开发了微粒-智能凝胶复合注射式长效植入剂，受体介导肝癌细胞靶向纳米粒等新型释药技术。2）多相反应器及其在生化反应中的应用。主要开发基于多级气升式环流反应器的厌氧-好氧耦合的污水生物处理技术，光反应器大规模能源微藻培养技术。基于多级气升式环流反应器，开发了一系列针对含有难降解有机物的石化和炼油工业污水的高效生物降解技术，并在工业应用中不断取得成功。近年来承担了多项科技支撑计划（子课题）以及企业合作研究课题。

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古槿 

清华大学   自动化系

讲师

教育经历

2004年          获清华大学自动化系学士学位

2009年          获清华大学自动化系博士学位

研究方向

主要从事生物信息学与系统生物学方面的研究，在基因调控网络、多层次异质数据融合等方面具有丰富的研究经验。目前主要从事microRNA调控网络、大规模生物医学数据的统计分析与模式发现的研究工作。已完成国家自然科学基金青年基金，现主持国家自然科学面上项目1项，作为学术骨干参加973、863和国家自然科学基金重点项目。

代表论文

Gu J, Chen Y, Huang H, Yin L, Xie Z, Zhang MQ. Gene module based regulator inference identifying miR-139 as a tumor suppressor in colorectal cancer. Molecular BioSystems. 2014, 10:3249-3254.

Wang D, Gu J, Wang T, Ding Z. OncomiRDB: a database for the experimentally verified oncogenic and tumor-suppressive microRNAs. Bioinformatics. 2014, 30:2237-2238.

Gu J, Chen Y, Li S, Li Y. Identification of responsive gene modules by network-based gene clustering and extending: application to inflammation and angiogenesis. BMC Systems Biology. 2010, 4:47.

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清华大学自动化系

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电话：+86-10-62794294-866

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陈振 

清华大学   化学工程系

讲师

教育经历

2005年          获清华大学化学工程系学士学位

2008年          获清华大学化学工程系硕士学位

2012年          获清华大学汉堡工业大学获得博士学位

2012-2013年      在汉堡工业大学进行博士后研究

2013-至今        任清华大学化工系助理研究员

研究方向

主要从事系统与合成生物学的新方法开发及其在工业生物技术中的应用。结合自上而下与自下而上两条途径，开发和优化细胞工厂，生产高附加值的天然化合物及非天然产物。一方面，利用系统生物学与功能基因组学的手段，研究不同水平上细胞代谢与调控的机制，发现关键的代谢节点和功能性靶标用于改造天然的细胞工厂。另一方面，基于合成生物学的思想，从分子水平重新设计酶与代谢途径以及基因调控回路，构造非天然细胞工厂，开发新的工业产品。

代表论文

Chen Z, Rappert S, Zeng AP. Rational Design of Allosteric Regulation of Homoserine Dehydrogenase by a Non-Natural Inhibitor L-Lysine. ACS Synth. Biol. 2013, 4:126-31.

Chen Z, Bommareddy R, Frank D, Rappert S, Zeng AP. Deregulation of Feedback Inhibition of Phosphoenolpyruvate Carboxylase for Improved Lysine Production in Corynebacterium glutamicum. Appl Environ Microbiol. 2013, 80: 1388-93.

Chen Z, Jandt U, Rappert S, Zeng AP. Protein-Design für die Entwicklung von industriellen Mikroorganismen. BIOspektrum. 2013, 19：99-101.

联系方式

清华大学化学工程系

北京100084，中国

电话：+86-10-62772130

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陈挺 

清华大学   信息科学与技术国家实验室 生物信息研究部

教授，博士生导师

教育经历

1997年       获美国纽约州立大学石溪分校计算机科学博士学位

1997-2000年  美国哈佛大学遗传学讲师，在George Church实验室任研究员

2000-2013年  任美国南加州大学（University of Southern California）生命科学系和计算机

助理教授、副教授、正教授，曾经担任南加州大学计算生物学部主任

2013年      入选国家第九批千人计划，现任职于清华大学信息科学与技术国家实验室

生物信息研究部，清华大学计算机科学与技术系、智能技术与系统国家重点

实验室。

研究方向

长期研究大数据高效算法设计和机器学习，并应用于研究人类基因组、转录组和蛋白组的高通量大数据分析和功能预测。在生物调控系统的数学模型、蛋白质组学以及质谱仪数据处理、高通量测序数据处理、宏基因组数据处理和复杂疾病的遗传学研究等方面均取得了一系列重要的研究成果。负责及参与美国自然科学基金会（NSF）、美国国家卫生研究院（NIH）等项目十余项。在Science、PNAS、Genome Research、American Journal of Human Genetics等国际著名期刊发表学术论文70余篇，被引超过10000次（Google Scholar），其中15篇论文被引用超过100次。

所获荣誉

入选国家第九批千人计划，2004年获得美国史隆基金会研究奖（Sloan Fellow）

联系方式

清华大学信息科学与技术国家实验室

北京100084，中国

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常智杰 

清华大学   医学院

教授，博士生导师

教育经历

1989年         获西北农业大学学士学位

1995.4—1998.10  美国圣路易斯大学医学院、华盛顿大学医学院和伯明翰大学医学院做访问学者和博士后

1998-至今       清华大学生物系工作。现为清华大学医学院教授、博士生导师，清华大学生命科学院校内兼职教授

研究方向

主要从事细胞信号转导与疾病的关系研究，研究方向有：重要信号蛋白的泛素化降解调控；STAT3蛋白活性调控；TGF-β，Wnt，FGF等信号在细胞增殖与分化中的作用；肿瘤转移的基因调控；IL-17在炎症反应中的作用。发表SCI收录论文80多篇，获发明专利20项，其中1项美国专利。发表论文获中国细胞生物学学会全国代表大会优秀青年科技论文一等奖1项，三等奖4项。

担任职务

FEBS Letters杂志编委

所获荣誉

获2002年清华大学教学工作优秀成果一等奖，获第12界清华大学“良师益友”。

联系方式

清华大学医学院

北京100084，中国

电话：+86-10-62773625

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张学工 

清华大学   自动化系/信息科学与技术国家实验室

教授，博士生导师

教育经历

1989年         获清华大学自动化系学士学位

1994年         获清华大学模式识别与智能系统专业博士学位

2001--2002年    哈佛大学公共卫生学院高级访问学者

                 现为清华大学自动化系教授、生命学院和医学院兼职教授

研究方向

主要研究方向是模式识别、生物信息学与系统生物学。在高通量组学数据处理与分析方法、RNA测序与选择性剪接调控、宏基因组分析、生物大数据机器学习与精准医学应用方面取得多项成果。

担任职务

清华信息科学与技术国家实验室生物信息学研究部主任，清华大学学术委员会委员，中国人工智能学会生物信息学与人工生命专业委员会主任、中国生物物理学会生物信息学与理论生物物理专业委员会副主任、中国生物工程学会生物信息学与计算生物学专业委员会（筹）常务副主任。

所获荣誉

2006年获得国家杰出青年基金获得者，是国家级精品课程主讲人，2011年成为国家九七三计划首席科学家，曾获国家科技进步二等奖、国家级教学成果二等奖等，

联系方式

清华大学自动化系

北京100084，中国

电话：+86-10-62794919

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张强锋 

清华大学   生命科学学院   研究员

教育经历

2000年         中国科学技术大学学士学位

2006年         中国科学技术大学计算机科学博士学位

2012年         哥伦比亚大学生物化学和分子生物物理博士学位

2012-2015年    分别在哥伦比亚大学、斯坦福大学进行博士后研究工作

2015年         清华大学研究员

 研究方向

研究方向是计算和高通量实验相结合的结构系统生物学（Structural Systems Biology）。通过深入分析蛋白质局部三维结构在全结构空间的相似相关性, 发展了基于结构的蛋白相互作用粗粒度建模和在全基因组水平上重构蛋白互作网络的准确有效算法（Nature 2012， PNAS 2010）。张强锋博士并且发展了利用酶切或者小分子探针，并结合下一代测序（Next Generation Sequencing）的方法来测定细胞外或细胞内 RNA结构的高通量实验方法（Nature 2014，Nature 2015），实验结果从全转录组水平揭示了RNA结构是如何影响其功能的，以及RNA结构如何可能和疾病关联。张强锋博士还参与了蛋 白-RNA相互作用实验检测方法的研发与验证，该方法为研究RNA特别是非编码RNA功能和调控作用提供了有效手段。

张强锋博士最近的研究兴趣是使应用这些结构系统生物学方法研究蛋白质－RNA相互作用的机制及有效预测，非编码RNA的结构、功能及进化，以及疾人类病特别是癌症和由RNA病毒引起的传染病的分子机理和有效治疗手段。

所获荣誉

入选中组部“青年千人”计划

代表论文

Flynn RA*, Zhang QC*, Spitale RC*, Lee B, Mumbach MR, and Chang HY. (2015) icSHAPE: Transcriptome-wide interrogation of RNA secondary structure in living cells. Nature Protocol. (In press, *Co-first authorship).

2. Spitale R*, Flynn RA*, Zhang QC*, Pete Crisalli, Byron Lee, Jong-Wha Jung, Hannes Y. Kuchelmeister, Pedro J. Batista, Eduardo A. Torre, Eric T. Kool, and Chang HY. (2015) Structural imprints in vivo decode mechanisms of RNA regulation. Nature. 519 (7544): 486-90. (*Co-first authorship)

3. Chu C, Zhang QC, Texira S, Bharadwaj M, Calabrese M, Magnuson T, Heard H and Chang HY. (2015) Developmentally regulated and modular assembly of Xist RNA binding proteins coordinate chromatin silencing. Cell. 161 (2): 404-16.

4. Wan Y*, Qu K*, Zhang QC, Manor O, Ouyang Z, Zhang J, Snyder MP, Segal E and Chang HY. (2014) Landscape and variation of RNA secondary structure across the human transcriptome. Nature, 505 (7485), 706-9.

5. Zhang QC, Petrey D, Garzon J, Deng L, and Honig B. (2013) PrePPI: A structure-informed database of protein-protein interactions. Nucleic Acids Research, 41:D828-33.

6. Zhang QC*, Petrey D*, Deng L, Qiang L, Shi Y, Chan AT, Bisikirska B, Lefebvre C, Accili D, Hunter T, Maniatis T, Califano A, and Honig B. (2012) Structure-based prediction of protein- protein interactions on a genome-wide scale. Nature, 490 (7421): 556-560 (*Co-first authorship)

7. Zhang QC*, Deng L*, Guan J, Honig B and Petrey D. PredUs: a web server for predicting protein interfaces using structural neighbors. (2011) Nucleic Acids Research, 39: W283-87.

 8. Zhang QC, Petrey D, Norel R, and Honig B, Protein interface conservation across structural space. (2010) Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(24): 10896-109.  

联系方式

清华大学生命科学学院

北京100084，中国

电话：+86-10-62796439

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实验室网站：http://zhanglab.life.tsinghua.edu.cn/