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COLD SPRING HARBOR ASIA CONFERENCES


CSHA/AACR Joint Meeting - Big Data, Computation and Systems Biology in Cancer
Suzhou, China
December 2-5, 2015
Abstract deadline:October 9, 2015

Organized by:

Andrea Califano, Columbia University, USA

William C. Hahn, Dana-Farber Cancer Institute, USA
Satoru Miyano, University of Tokyo, Japan
Xuegong Zhang, Tsinghua University, China

 

 

We are pleased to announce the 1st Cold Spring Harbor Asia and American Association for Cancer Research joint conference on Big Data, Computation and Systems Biology in Cancer which will be held in Suzhou, China, located approximately 60 miles west of Shanghai. The conference will begin at 7:00pm on the evening of Wednesday December 2, and will conclude after lunch on Saturday, December 5, 2015.

 

 

The conference will include six oral sessions and one poster session covering the latest findings across many topics in big data, computation, and systems biology in cancer research. Many talks will be selected from the openly submitted abstracts on the basis of scientific merit and relevance. Social events throughout the conference provide ample opportunity for informal interactions.



Major Topics:
* Systems Biology
* Computational Biology
* Functional Screening and Drug Discovery
* Tumor Heterogeneity
* Models and Networks
* Regulation and Signaling
* Cancer Genomics and Bioinformatics

Keynote Speakers:
Zhu Chen, Shanghai Institute of Hematology, CHINA
Andrew Futreal, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, USA

Invited Speakers:
Andrea Califano , Columbia University , USA
Abstract title:Systematic elucidation of druggable dependencies in human malignancies: a new take on precision medicine
Piero Carninci, RIKEN Center for Life Science Technologies, JAPAN
Abstract title:FANTOM project: surprises from studies of mammalian transcriptomes
Wei Chen , Max Delbruck Center for Molecular Medicine , Germany
Abstract title:Extensive coupling of transcriptional and translational regulation via usage of alternative transcription start sites
Daniel Gallahan, National Cancer Institute, USA
Abstract title:Cancer Systems Biology: An NCI Perspective for the Future
William Hahn , Dana Farber Cancer Institute/ Harvard Medical School , USA
Abstract title:Integrated systematic genomic approaches to define cancer networks
Zeguang Han , Shanghai Jiaotong University School of Medicine , CHINA
Abstract title:Genomic and epigenomic studies provide insights into the pathogenesis of liver cancer
Trey Ideker , University of California, San Diego , USA
Abstract title:The Cancer Cell Map Initiative
Cheng Li , Peking University School of Life Sciences , CHINA
Abstract title: Co-expression and network motif models of cancer expression profiles
Martin Kampmann, University of California, San Francisco, USA
Abstract title:Elucidating gene-gene and gene-drug interactions in cancer with next-generation functional genomics
Gordon Mills , University of Texas MD Anderson Cancer Center , USA
Satoru Miyano , University of Tokyo , JAPAN
Abstract title:Boosting Systems Understanding of Cancer in New Dimension by Supercomputers
Benjamin Raphael , Brown University , USA
Abstract title:Patterns of Somatic Aberrations in Cancer Genomes
Cory Abate-Shen, Columbia University, USA
Abstract title:From mouse to man: using cross-species analysis of genome-wide regulatory networks to elucidate mechanisms of prostate cancer
Michael Shen, Columbia University Medical Center, USA
Pavel Sumazin , Baylor College of Medicine , USA
Abstract title:Genomic variants at mRNAs and lncRNAs dysregulate cancer genes by modulating microRNA activity
Hongyang Wang , Eastern Hepatobiliary Hospital/Institute of Shanghai , CHINA
Abstract title:Heterogeneity and Challenges of Human Hepatocellular Carcinoma
Xiaowo Wang , Tsinghua University , China
Abstract title:Quantitative characteristics of microRNA mediated posttranscriptional regulation
Xuerui Yang , Tsinghua University , China
Abstract title:Circuitry and dynamics of DNA methylation-dependent transcription regulatory networks in cancers
Xuegong Zhang , Tsinghua University , CHINA
Abstract title:Computational Models to Detect DNA Modification and its Heterogeneity from Third-Generation Sequencing Data





We encourage abstracts to contain new and unpublished materials. The abstracts must be submitted electronically by the abstract deadline. Selection of material for oral and poster presentation will be made by the organizers. Status (fellow's talk/poster) of abstracts will be posted on our web site as soon as decisions have been made by the organizers.


Fellowship:
We are eager to have as many young people as possible attend since they are likely to benefit most from this meeting. A certain number of presentations by graduate students and postdocs in this conference will be selected as fellowship (USD $200-$500) awards. For more details, please visit http://www.csh-asia.org/stipends.html

We look forward to seeing you at Suzhou in December 2015.

Package Content:

 

Package Type

Early Registration

Late Registration

Payment Deadline:

Nov 3, 2015

Payment Deadline:

Before Arrival

Academic

¥4,200

$700

¥5,000

$840

Student

¥2,100

$350

¥2,700

$450

Corporate

¥5,440

$910

¥6,520

$1,090

Media

¥2,700

$450

¥3,100

$520

Please kindly note:

1. Registration includes food, but does NOT include Housing. Due to requests from participants to provide more housing at lower prices, we have expanded our housing options to include some lower priced nearby hotels. After completing the online registration, you will receive a link to the full list of housing options.
*Reference Room Rate:
CNY 500 per standard room per night in the Conference Hotel (Worldhotel Grand Dushulake Suzhou)
Up from CNY 200 per standard room per night in nearby budget hotels (within 5 km)
CNY 400-700 per standard room per night in nearby 4-5 star hotels

2. The meeting registration is an integral package. We encourage all our participants to stay for the full meeting period and communicate with each other. No refund/discount or day pass is available for partial participation.

3. The early price will be available if the full payment is finished before the exact due date.
For USD participants, we will automatically change your package price to the update one if we could not successfully charge the payment from your registered credit card before the deadline.
For CNY participants, we will automatically change your package price to the update one if our bank account could not receive your full payment by wire transfer before the deadline.

4. For late registrations, your registration materials may not be guaranteed since the order is usually made in advance.

5. Please inform us your special request on food (vegetarian, kosher…etc.) or other things during the online registration or email us as early as possible so that we could make relevant arrangement accordingly.

6. Student package is exclusively designed for all the graduate, undergraduate and doctor students who have not received the doctor degree. (Student ID will be required upon arrival).

    7月16日,“清华大学合成与系统生物学研究中心成立仪式暨合成与系统生物学前沿学术研讨会”在清华大学主楼后厅举行。教育部科技司副司长雷朝滋、科技部基础司的张彦雪处长出席仪式,并对清华大学合成与系统生物学研究中心成立表示祝贺。清华大学副校长薛其坤出席仪式,并与中心顾问委员会主任王志新院士共同为中心揭牌。十余名两院院士以及来自全国各地合成生物学研究机构的嘉宾和中心共建单位的师生共两百余人出席大会。

    中心主任、生命学院陈国强教授主持成立仪式。

    薛其坤与王志新共同为中心揭牌。

薛其坤对清华大学合成与系统生物学研究中心的成立表示祝贺,希望中心能充分发挥清华大学优良的学科交叉传统和卓越的跨学科整合能力,形成贯穿从生物信息学处理、系统生物学建模到合成生物学理论、技术以及在工业、医学、安全等方面应用的研究链条。他表示,相信中心能推动清华的合成生物学研究迈上一个新台阶,并对我国的合成生物学研究做出重要贡献。

    生命学院副院长李蓬介绍了中心成立的背景,指出合成生物学是解决粮食、环境、能源以及健康上问题的新思路。中心主任、生命学院陈国强教授全面介绍了中心的组成情况和成立的目标,中心将针对合成生物学中的关键技术和瓶颈问题展开前瞻性研究,并通过若干年的努力把中心建设成为海内外知名的合成与系统生物学中心,产生一批影响世界的工业生物技术和生物医学成果,并孕育几家在合成生物学领域有影响力的生物技术公司。

    国家信息学院院院长孙家广教授、化工系副系主任邢新会教授作为部分共建单位代表发言,祝贺清华大学合成与系统生物学研究中心的成立。来自全国各地的合成生物学研究领域的兄弟单位代表先后表示祝贺,并期待与清华大学长期合作,共同提升我国在合成生物学研究领域的国际竞争力。

    下午,到访的上海交通大学邓子新院士、上海交通大学冯雁教授、中科院陈润生院士和深圳第二人民医院蔡志明院长等著名专家分别作主题报告,分享合成生物学与系统生物学界最新科研成果,并与清华师生进行了交流研讨。

背景链接

     合成生物学基于工程化的思想,将天然或人工设计的生物元件模块化、标准化,并利用这些重新组装的生物学元件对生物系统进行重新设计,以实现特定的功能。2013年,麦肯锡全球研究所发布的研究报告将合成生物学评价为将改变世界的颠覆性技术。清华大学合成与系统生物学中心,包括中科院院士1名、973首席4名,多名长江学者、杰青等。研究涉及高通量组学的生物信息学、复杂疾病的网络调控研究、表观基因组学及其遗传机制研究、化学品生物合成及代谢网络研究、基因线路构建及医药应用、基因合成与基因组组装、环境微生物及宏基因组学等研究领域。中心旨在发挥清华大学在生命科学和工科等方面的有利条件,以期在医学应用和工业等方面取得具有国际影响力的重要学术成果,并积极推动科研成果产业化。

供稿:生命学院 编辑:李含 蕾蕾

http://me2015.csp.escience.cn/

近年来,代谢工程和合成生物学研究在中国发展迅猛,为了促进增长势头,国际代谢工程学会(IMES)决定于20151130-122日在北京会议中心举办代谢工程峰会。此次会议是IMES在中国举办的首届代谢工程峰会,在中国工程院、国际代谢工程学会、美国化学学会、亚洲生物技术联盟和世界工业生物技术委员会的共同支持下,由清华大学、北京化工大学、中科院微生物所、中国科学院-发展中国家科学院生物技术卓越中心、武汉生物技术研究院、深圳大学等多所高校和研究机构联合承办。

此次会议是近年来在中国举办的生命科学领域规模最大和规格最高的学术大会之一,荟萃当今全球顶尖的代谢工程专家。会议主题是“合成生物学助力可持续生物过程的发展”,各国的科学家将带来最激动人心的研究进展,来自学术界、工业界和政府的专家将共同探讨合成生物学技术如何深刻改变人类生活。

国际代谢工程大会简介

国际代谢工程大会(Metabolic Engineering Conference)是代谢工程领域最有国际影响力的会议,在同类会议中举办历史最长。从1996MIT教授Gregory Stephanopoulos在美国举办首届会议以来,该会议每两年举办一次,旨在分享过去两年中代谢工程领域最新发展与成就,并预测未来的研究趋势。会议涵盖了系统生物学、合成生物学、生物化学工程等学科以及医疗服务、生物燃料、化学制品和新材料、微生物和哺乳动物系统等研究方向。

国际代谢工程大会历史

1996   美国

首届国际代谢工程大会前身——DNA重组生物技术会议

1998   德国

第二届国际代谢工程大会Metabolic Engineering II (ME II)

2000   美国

ME III

2002   意大利

ME IV

2004   美国

ME V

2006   荷兰

ME VI

2008   墨西哥

ME VII

2010   韩国

ME VIII

2012   法国

ME IX

2014   加拿大

ME X

2015   中国北京

国际代谢工程峰会MES 2015

2016   日本

ME XI

我们热忱欢迎全世界所有的朋友和同仁参会。此次峰会旨在提供以下契机:

1.   促进各国从事生物学、化学和工程学领域的科研人员在中国交流代谢工程的最新发展。

2.   促进国内外学术界、商界、媒体、政界和产业界用不同的方法和观点交流代谢工程研究和生物工业的发展。

3.   促进全球范围内将来有志从事代谢工程和合成生物学研究的博士和博士后研究人员的参与。

4.   促进国际代谢工程和合成生物学研究团队与中国科研群体之间形成系统的协作关系。

此次代谢工程峰会设立七个研讨会:

1、代谢工程生产天然产物;

2、代谢工程变废为宝;

3、代谢工程推进生物经济;

4、代谢工程在粮食—能源—水资源关系网中的作用;

5、代谢工程作为驱动创新的促进技术;

6、生物炼制在页岩气时代和降低油价中的挑战;

7、工业小组讨论;

一、时间20151130日-122

二、地点:北京会议中心(地址:北京市朝阳区来广营西路88号北京会议中心大堂)

三、组织机构

支持单位:

中国工程院

国际代谢工程学会

美国化学学会

亚洲生物技术联盟

世界工业生物技术委员会

主办单位:

清华大学

北京化工大学

中国科学院-发展中国家科学院生物技术卓越中心

中国科学院微生物研究所

武汉生物技术研究院

深圳大学

四、特邀报告人名单

Tianwei TAN (Beijing Univ Chem Technol, China), Chair

George Guo-Qiang Chen (Tsinghua Univ), Co-Chair

Yin LI (CASChina), Co-Chair

Mark Burk (Genomatica's innovation center, USA)

Zhiming CAI (Shenzhen University, China)

Zixin DENG (Shanghai Jiao Tong University, China)

John Dueber (College of Natural Resources, UC Berkeley, USA)

Yan FENG (Shanghai Jiao Tong University, China)

Vassily Hatzimanikatis (EPFL, Switzerland) 

Jeroen Hugenholtz (The Coca-Cola Company, Atlanta)

Mattheos Koffas (Rensselaer Polytechnic Institute, USA)

Akihiko Kondo (Kobe Univ, Japan) 

Sang Yup Lee (KAIST, Korea) 

James LIAO (Univ California, LA, USA)

Tiangang LIU (Wuhan Univ, China)

Michael D. Lynch (Duke Univ, USA)

Jens Nielsen (Chalmers Univ Technol, Sweden)

Lars Nielsen (Queensland Univ, Australia) 

Philippe Soucaille(Metabilic explorer ,France)

Nigel Scrutton (Manchester Univ, UK) 

Alexander Steinbüchel (Univ Munster, Germany)

Gregory Stephanopoulos (MIT, USA)

Chris Voigt (MIT, USA) 

Wolfgang Wiechert (Forschungszentrum Juelich GmbH, Germany)

Yajun YAN (Univ Georgia, Athens, USA) 

Sheng YANG(CAS,China)

Huanming ZHANG (Beijing genomics institute, China)

Lixin ZHANG (CAS, China)

Percival ZHANG (VirginiaTech, USA)

Xueli ZHANG (CAS, China)

Huimin ZHAO (Illinois, USA)

其中,中国院士有三名:

谭天伟院士

邓子新院士

杨焕明院士

外籍院士有四名:

Gregory Stephanopoulos (MIT, USA) 美国院士

James Liao (Univ California, LA, USA) 美国院士

Sang Yup Lee (KAIST, Korea) 韩国院士

Jens Nielsen (Chalmers Univ Technol, Sweden) 瑞典皇家院士

五、会议日程:

20151130日   全天报到,大会开幕式和晚宴。

2015121日     全天学术报告,工业技术小组展示和墙报展示。

2015122    全天学术报告,工业技术小组展示,最佳墙报奖颁奖和闭幕式。

六、联系方式

关于会议及注册问题欢迎邮件联系:

Ÿ   MES2015主席陈国强教授,+86-10-62783844,邮箱:chengq@mail.tsinghua.edu.cn

Ÿ   MES2015组委会清华大学博士生陈祥斌,邮箱:chenxiangbin@phalab.org

本次会议热忱欢迎代谢工程领域的专家学者、科研工作者和研究生,生物科技公司,生物医药和生物产业的风险投资人共同参与!期待与您相聚北京,共襄盛会!

                                 

2015年国际代谢工程峰会组委会

Organization Committee of MES 2015

 

http://me2015.csp.escience.cn/

近年来,代谢工程和合成生物学研究在中国发展迅猛,为了促进增长势头,国际代谢工程学会(IMES)决定于20151130-122日在北京会议中心举办代谢工程峰会。此次会议是IMES在中国举办的首届代谢工程峰会,在中国工程院、国际代谢工程学会、美国化学学会、亚洲生物技术联盟和世界工业生物技术委员会的共同支持下,由清华大学、北京化工大学、中科院微生物所、中国科学院-发展中国家科学院生物技术卓越中心、武汉生物技术研究院、深圳大学等多所高校和研究机构联合承办。

此次会议是近年来在中国举办的生命科学领域规模最大和规格最高的学术大会之一,荟萃当今全球顶尖的代谢工程专家。会议主题是“合成生物学助力可持续生物过程的发展”,各国的科学家将带来最激动人心的研究进展,来自学术界、工业界和政府的专家将共同探讨合成生物学技术如何深刻改变人类生活。

国际代谢工程大会简介

国际代谢工程大会(Metabolic Engineering Conference)是代谢工程领域最有国际影响力的会议,在同类会议中举办历史最长。从1996MIT教授Gregory Stephanopoulos在美国举办首届会议以来,该会议每两年举办一次,旨在分享过去两年中代谢工程领域最新发展与成就,并预测未来的研究趋势。会议涵盖了系统生物学、合成生物学、生物化学工程等学科以及医疗服务、生物燃料、化学制品和新材料、微生物和哺乳动物系统等研究方向。

国际代谢工程大会历史

1996   美国

首届国际代谢工程大会前身——DNA重组生物技术会议

1998   德国

第二届国际代谢工程大会Metabolic Engineering II (ME II)

2000   美国

ME III

2002   意大利

ME IV

2004   美国

ME V

2006   荷兰

ME VI

2008   墨西哥

ME VII

2010   韩国

ME VIII

2012   法国

ME IX

2014   加拿大

ME X

2015   中国北京

国际代谢工程峰会MES 2015

2016   日本

ME XI

我们热忱欢迎全世界所有的朋友和同仁参会。此次峰会旨在提供以下契机:

1.   促进各国从事生物学、化学和工程学领域的科研人员在中国交流代谢工程的最新发展。

2.   促进国内外学术界、商界、媒体、政界和产业界用不同的方法和观点交流代谢工程研究和生物工业的发展。

3.   促进全球范围内将来有志从事代谢工程和合成生物学研究的博士和博士后研究人员的参与。

4.   促进国际代谢工程和合成生物学研究团队与中国科研群体之间形成系统的协作关系。

此次代谢工程峰会设立七个研讨会:

1、代谢工程生产天然产物;

2、代谢工程变废为宝;

3、代谢工程推进生物经济;

4、代谢工程在粮食—能源—水资源关系网中的作用;

5、代谢工程作为驱动创新的促进技术;

6、生物炼制在页岩气时代和降低油价中的挑战;

7、工业小组讨论;

一、时间20151130日-122

二、地点:北京会议中心(地址:北京市朝阳区来广营西路88号北京会议中心大堂)

三、组织机构

支持单位:

中国工程院

国际代谢工程学会

美国化学学会

亚洲生物技术联盟

世界工业生物技术委员会

主办单位:

清华大学

北京化工大学

中国科学院-发展中国家科学院生物技术卓越中心

中国科学院微生物研究所

武汉生物技术研究院

深圳大学

四、特邀报告人名单

Tianwei TAN (Beijing Univ Chem Technol, China), Chair

George Guo-Qiang Chen (Tsinghua Univ), Co-Chair

Yin LI (CASChina), Co-Chair

Mark Burk (Genomatica's innovation center, USA)

Zhiming CAI (Shenzhen University, China)

Zixin DENG (Shanghai Jiao Tong University, China)

John Dueber (College of Natural Resources, UC Berkeley, USA)

Yan FENG (Shanghai Jiao Tong University, China)

Vassily Hatzimanikatis (EPFL, Switzerland) 

Jeroen Hugenholtz (The Coca-Cola Company, Atlanta)

Mattheos Koffas (Rensselaer Polytechnic Institute, USA)

Akihiko Kondo (Kobe Univ, Japan) 

Sang Yup Lee (KAIST, Korea) 

James LIAO (Univ California, LA, USA)

Tiangang LIU (Wuhan Univ, China)

Michael D. Lynch (Duke Univ, USA)

Jens Nielsen (Chalmers Univ Technol, Sweden)

Lars Nielsen (Queensland Univ, Australia) 

Philippe Soucaille(Metabilic explorer ,France)

Nigel Scrutton (Manchester Univ, UK) 

Alexander Steinbüchel (Univ Munster, Germany)

Gregory Stephanopoulos (MIT, USA)

Chris Voigt (MIT, USA) 

Wolfgang Wiechert (Forschungszentrum Juelich GmbH, Germany)

Yajun YAN (Univ Georgia, Athens, USA) 

Sheng YANG(CAS,China)

Huanming ZHANG (Beijing genomics institute, China)

Lixin ZHANG (CAS, China)

Percival ZHANG (VirginiaTech, USA)

Xueli ZHANG (CAS, China)

Huimin ZHAO (Illinois, USA)

其中,中国院士有三名:

谭天伟院士

邓子新院士

杨焕明院士

外籍院士有四名:

Gregory Stephanopoulos (MIT, USA) 美国院士

James Liao (Univ California, LA, USA) 美国院士

Sang Yup Lee (KAIST, Korea) 韩国院士

Jens Nielsen (Chalmers Univ Technol, Sweden) 瑞典皇家院士

五、会议日程:

20151130日   全天报到,大会开幕式和晚宴。

2015121日     全天学术报告,工业技术小组展示和墙报展示。

2015122    全天学术报告,工业技术小组展示,最佳墙报奖颁奖和闭幕式。

六、联系方式

关于会议及注册问题欢迎邮件联系:

Ÿ   MES2015主席陈国强教授,+86-10-62783844,邮箱:chengq@mail.tsinghua.edu.cn

Ÿ   MES2015组委会清华大学博士生陈祥斌,邮箱:chenxiangbin@phalab.org

本次会议热忱欢迎代谢工程领域的专家学者、科研工作者和研究生,生物科技公司,生物医药和生物产业的风险投资人共同参与!期待与您相聚北京,共襄盛会!

                                 

2015年国际代谢工程峰会组委会

Organization Committee of MES 2015

 

        2014年5月30日,清华大学生命科学学院邓海腾教授研究组在《应用化学(Angewandte Chemie International Edition)》杂志上在线发表了题为“Substrate Profiling of Glutathione S-transferase with Engineered Enzymes and Matched Glutathione Analogues”的研究论文。该论文开发并报道了一种名为BIGS(BioorthogonalIdentification of GST Substrates)的可发现谷胱甘肽化底物的方法,该方法利用基因和共享底物改造等化学生物学的方法富集和鉴定受GST催化的谷胱甘肽化的底物分子,对于发现复杂成分药物中的活性分子和理解药物的二相代谢机制都有重要的意义。
        多年来药物代谢过程一直是人们所关注的热点问题,发现复杂成分药物例如中药的活性组分和代谢过程一直都缺乏有效的研究手段。本论文以药物二相代谢酶谷胱甘肽硫转移酶(GST)催化的药物分子的谷胱甘肽化为研究体系,发展了化学生物学的方法,并结合质谱技术首次对其小分子底物予以富集和鉴定。该方法的关键技术是合成了含有炔基的GSH类似物,通过对GST进行基因工程改造,筛选到了一种GST-KWR的突变体与GSH类似物有最佳的催化组合。这样使得GST-KWR的谷胱甘肽化底物上有可以用于富集和检测的炔基基团,并运用此方法,在传统中成药感冒冲剂中鉴定到了10种可以被GST催化的底物分子。BIGS为发现和研究复杂成分药物的活性组分及其代谢过程提供了一个新的思路。
本论文的通讯作者为清华大学生命科学学院的邓海腾教授,该实验室的2010级博士研究生冯杉同学是本论文的第一作者,张雷、古丽莎娜等同学以及生物医学测试中心蛋白质化学平台的刘洁媛技术员也参与了该工作。美国Memorial Sloan-Kettering Cancer Center的Luo Minkui教授对此工作也提供了重要的建议和支持。该研究受国家自然科学基金(31270871)、教育部自主基金(2012Z02293)和清华-北大生命科学联合中心经费的支持。

图示:BIGS的流程示意图

        2014年1月23日,清华大学生命学院朱听研究组在环境学杂志 Environmental Science & Technology在线发表了题为Inhalable microorganisms in Beijing’s PM2.5 and PM10 pollutants during a severe smog event的研究论文。该论文报道了北京市雾霾天气中大气悬浮颗粒物的微生物组分。

        大气悬浮颗粒物作为影响我国大多数城市空气质量的首要污染物,已逐渐成为全社会关心的影响公共健康的重大问题。PM2.5(空气动力学直径≤2.5 µm的细颗粒物)和PM10颗粒物(空气动力学直径≤10 µm的粗颗粒物)悬浮在空气中,成为诸多微生物、有毒有害化学物质侵入人类呼吸道的载体。虽然目前DNA测序和宏基因组学方法已经被广泛用于环境微生物研究,但将其应用于研究大气悬浮颗粒物的微生物组分,一直存在颗粒物样品DNA含量少、用传统方法研究难以获得足够的DNA进行测序等困难。朱听研究组在研究中建立了一套从大气悬浮颗粒物样品中提取、纯化DNA,并进行测序与宏基因组学分析的技术。该研究首次在“种”的水平上鉴别出大气悬浮颗粒物中的微生物,发现其中大部分为非致病性微生物,并且有很多可能来自于土壤。该结果有望为相关的公共医学、城市规划和雾霾治理等研究提供有用的数据。

该研究与清华大学环境学院蒋靖坤研究组、清华大学测序平台田埂研究组合作完成。

图为2013年1月8日~14日测得的PM2.5日平均浓度(左),以及测序分析得到的DNA序列的生物域分布(右)。

Li Y, Jiang Y, Chen H, Lian W, Li Z, Weiss R, Xie Z. Modular construction of mammalian gene circuits using TALE transcriptional repressors. Nat Chem Biol. 2015, 11:207-13.

        生命学院朱听课题组于2015年4月23日在Nature Protocols在线发表了题为Optimized DNA extraction and metagenomic sequencing of airborne microbial communities(空气微生物DNA提取及宏基因组测序方法)的论文,报道空气微生物宏基因组测序新技术。

        大气生物圈是一个与其它环境生物圈密切相关,且与人类呼吸系统及皮肤直接作用的重要生物圈。目前DNA测序和宏基因组学方法虽已被广泛用于其它环境微生物研究,但将其应用于空气微生物的研究一直存在样品DNA含量少,传统方法难以获得足够DNA进行测序等技术困难。朱听课题组建立了一套从空气颗粒物样品中提取、纯化DNA、测序及宏基因组学分析的技术。这套新技术的建立使得对空气微生物的全面宏基因组研究成为可能,也为其它环境微生物研究提供了一种通用方法。因此,该技术的实验方法被约稿在Nature Protocols上进行了详细报道。

        朱听课题组的主要科研方向是研究、开发与核酸相关的生物新技术。自2012年初建立,朱听课题组开始进入环境微生物领域,重点开展针对空气微生物宏基因组测序技术的研究,2014年1月即在权威环境科学杂志ES&T发表了题为Inhalable microorganisms in Beijing’s PM2.5 and PM10 pollutants during a severe smog event的研究论文,首次完成对空气微生物的宏基因组测序,并在“种”的水平上鉴别空气中复杂的微生物组分。此项研究结果及其使用的新技术得到了包括Nature, Scientific American, Los Angeles Times, 参考消息、科技日报、北京日报等国内外学术、社会媒体的广泛报道,同时也使关于大气生物圈的研究逐渐成为环境微生物学的一个新兴领域。

        本文第一作者为生命科学学院2012级博士研究生姜文君,第二作者为PTN 2012级博士研究生梁鹏。本课题与清华大学环境学院蒋靖坤课题组合作完成,并得到科技部、国家自然科学基金委、清华-北大生命科学联合中心、感染性疾病诊治协同创新中心的经费支持。

        原文链接:http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n5/abs/nprot.2015.046.html

图为空气微生物宏基因组测序技术示意图。

星期三, 04 11月 2015 06:42

自动移液工作站 Biomek NXp

服务信息仪器技术参数:

    15个SBS标准板位,其中包含1个自动锁扣式振荡模块板位与1个恒温孵育模块板位,可自定义孔板三维参数。

    8道独立控制加样器,间距可调,CV值1μl<4.62%(标准可抛弃的Tips),移液行为和过程可精确设置和调节,可实现孔内的吸头水平移动、在不同角度靠壁、空气隔层、连续分液等多种移液方法和技巧。

    已配置吸头量程:20μl、50μl与200μl。

    XYZ三维运动机械臂,三点垂直夹板,可夹取多块板,可360度旋转。

    弧线轨迹的高速振荡模块,由软件设置振荡速度、振荡轨迹及振荡速度的连续变化,最大速度可达1800rpm/min,带有自动锁扣功能。

    恒温孵育模块,温度控制范围为0至100度,直接通过软件控制温度变化。

    控制软件具有图标式界面,允许拖放交互,可设置和调用各种模板,具有编程自检功能,可三维模拟仿真自动化运行过程。

 Biomek

星期三, 04 11月 2015 06:39

QIAcube 提取工作站

仪器功能应用

    新型的QIAcube全自动核酸纯化仪采用先进的技术处理QIAGEN离心柱,将全自动、低通量样本制备无缝整合到您的实验流程中。

    无需更换纯化试剂,确保实验的快速启动,快速得到结果。所有纯化步骤全自动化,每批最多可处理12个样本。

QIAcube

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