古槿 

清华大学   自动化系

讲师

教育经历

2004年          获清华大学自动化系学士学位

2009年          获清华大学自动化系博士学位

研究方向

主要从事生物信息学与系统生物学方面的研究，在基因调控网络、多层次异质数据融合等方面具有丰富的研究经验。目前主要从事microRNA调控网络、大规模生物医学数据的统计分析与模式发现的研究工作。已完成国家自然科学基金青年基金，现主持国家自然科学面上项目1项，作为学术骨干参加973、863和国家自然科学基金重点项目。

代表论文

Gu J, Chen Y, Huang H, Yin L, Xie Z, Zhang MQ. Gene module based regulator inference identifying miR-139 as a tumor suppressor in colorectal cancer. Molecular BioSystems. 2014, 10:3249-3254.

Wang D, Gu J, Wang T, Ding Z. OncomiRDB: a database for the experimentally verified oncogenic and tumor-suppressive microRNAs. Bioinformatics. 2014, 30:2237-2238.

Gu J, Chen Y, Li S, Li Y. Identification of responsive gene modules by network-based gene clustering and extending: application to inflammation and angiogenesis. BMC Systems Biology. 2010, 4:47.

联系方式

清华大学自动化系

北京100084，中国

电话：+86-10-62794294-866

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陈振 

清华大学   化学工程系

讲师

教育经历

2005年          获清华大学化学工程系学士学位

2008年          获清华大学化学工程系硕士学位

2012年          获清华大学汉堡工业大学获得博士学位

2012-2013年      在汉堡工业大学进行博士后研究

2013-至今        任清华大学化工系助理研究员

研究方向

主要从事系统与合成生物学的新方法开发及其在工业生物技术中的应用。结合自上而下与自下而上两条途径，开发和优化细胞工厂，生产高附加值的天然化合物及非天然产物。一方面，利用系统生物学与功能基因组学的手段，研究不同水平上细胞代谢与调控的机制，发现关键的代谢节点和功能性靶标用于改造天然的细胞工厂。另一方面，基于合成生物学的思想，从分子水平重新设计酶与代谢途径以及基因调控回路，构造非天然细胞工厂，开发新的工业产品。

代表论文

Chen Z, Rappert S, Zeng AP. Rational Design of Allosteric Regulation of Homoserine Dehydrogenase by a Non-Natural Inhibitor L-Lysine. ACS Synth. Biol. 2013, 4:126-31.

Chen Z, Bommareddy R, Frank D, Rappert S, Zeng AP. Deregulation of Feedback Inhibition of Phosphoenolpyruvate Carboxylase for Improved Lysine Production in Corynebacterium glutamicum. Appl Environ Microbiol. 2013, 80: 1388-93.

Chen Z, Jandt U, Rappert S, Zeng AP. Protein-Design für die Entwicklung von industriellen Mikroorganismen. BIOspektrum. 2013, 19：99-101.

联系方式

清华大学化学工程系

北京100084，中国

电话：+86-10-62772130

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陈挺 

清华大学   信息科学与技术国家实验室 生物信息研究部

教授，博士生导师

教育经历

1997年       获美国纽约州立大学石溪分校计算机科学博士学位

1997-2000年  美国哈佛大学遗传学讲师，在George Church实验室任研究员

2000-2013年  任美国南加州大学（University of Southern California）生命科学系和计算机

助理教授、副教授、正教授，曾经担任南加州大学计算生物学部主任

2013年      入选国家第九批千人计划，现任职于清华大学信息科学与技术国家实验室

生物信息研究部，清华大学计算机科学与技术系、智能技术与系统国家重点

实验室。

研究方向

长期研究大数据高效算法设计和机器学习，并应用于研究人类基因组、转录组和蛋白组的高通量大数据分析和功能预测。在生物调控系统的数学模型、蛋白质组学以及质谱仪数据处理、高通量测序数据处理、宏基因组数据处理和复杂疾病的遗传学研究等方面均取得了一系列重要的研究成果。负责及参与美国自然科学基金会（NSF）、美国国家卫生研究院（NIH）等项目十余项。在Science、PNAS、Genome Research、American Journal of Human Genetics等国际著名期刊发表学术论文70余篇，被引超过10000次（Google Scholar），其中15篇论文被引用超过100次。

所获荣誉

入选国家第九批千人计划，2004年获得美国史隆基金会研究奖（Sloan Fellow）

联系方式

清华大学信息科学与技术国家实验室

北京100084，中国

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常智杰 

清华大学   医学院

教授，博士生导师

教育经历

1989年         获西北农业大学学士学位

1995.4—1998.10  美国圣路易斯大学医学院、华盛顿大学医学院和伯明翰大学医学院做访问学者和博士后

1998-至今       清华大学生物系工作。现为清华大学医学院教授、博士生导师，清华大学生命科学院校内兼职教授

研究方向

主要从事细胞信号转导与疾病的关系研究，研究方向有：重要信号蛋白的泛素化降解调控；STAT3蛋白活性调控；TGF-β，Wnt，FGF等信号在细胞增殖与分化中的作用；肿瘤转移的基因调控；IL-17在炎症反应中的作用。发表SCI收录论文80多篇，获发明专利20项，其中1项美国专利。发表论文获中国细胞生物学学会全国代表大会优秀青年科技论文一等奖1项，三等奖4项。

担任职务

FEBS Letters杂志编委

所获荣誉

获2002年清华大学教学工作优秀成果一等奖，获第12界清华大学“良师益友”。

联系方式

清华大学医学院

北京100084，中国

电话：+86-10-62773625

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张学工 

清华大学   自动化系/信息科学与技术国家实验室

教授，博士生导师

教育经历

1989年         获清华大学自动化系学士学位

1994年         获清华大学模式识别与智能系统专业博士学位

2001--2002年    哈佛大学公共卫生学院高级访问学者

                 现为清华大学自动化系教授、生命学院和医学院兼职教授

研究方向

主要研究方向是模式识别、生物信息学与系统生物学。在高通量组学数据处理与分析方法、RNA测序与选择性剪接调控、宏基因组分析、生物大数据机器学习与精准医学应用方面取得多项成果。

担任职务

清华信息科学与技术国家实验室生物信息学研究部主任，清华大学学术委员会委员，中国人工智能学会生物信息学与人工生命专业委员会主任、中国生物物理学会生物信息学与理论生物物理专业委员会副主任、中国生物工程学会生物信息学与计算生物学专业委员会（筹）常务副主任。

所获荣誉

2006年获得国家杰出青年基金获得者，是国家级精品课程主讲人，2011年成为国家九七三计划首席科学家，曾获国家科技进步二等奖、国家级教学成果二等奖等，

联系方式

清华大学自动化系

北京100084，中国

电话：+86-10-62794919

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张强锋 

清华大学   生命科学学院   研究员

教育经历

2000年         中国科学技术大学学士学位

2006年         中国科学技术大学计算机科学博士学位

2012年         哥伦比亚大学生物化学和分子生物物理博士学位

2012-2015年    分别在哥伦比亚大学、斯坦福大学进行博士后研究工作

2015年         清华大学研究员

 研究方向

研究方向是计算和高通量实验相结合的结构系统生物学（Structural Systems Biology）。通过深入分析蛋白质局部三维结构在全结构空间的相似相关性, 发展了基于结构的蛋白相互作用粗粒度建模和在全基因组水平上重构蛋白互作网络的准确有效算法（Nature 2012， PNAS 2010）。张强锋博士并且发展了利用酶切或者小分子探针，并结合下一代测序（Next Generation Sequencing）的方法来测定细胞外或细胞内 RNA结构的高通量实验方法（Nature 2014，Nature 2015），实验结果从全转录组水平揭示了RNA结构是如何影响其功能的，以及RNA结构如何可能和疾病关联。张强锋博士还参与了蛋 白-RNA相互作用实验检测方法的研发与验证，该方法为研究RNA特别是非编码RNA功能和调控作用提供了有效手段。

张强锋博士最近的研究兴趣是使应用这些结构系统生物学方法研究蛋白质－RNA相互作用的机制及有效预测，非编码RNA的结构、功能及进化，以及疾人类病特别是癌症和由RNA病毒引起的传染病的分子机理和有效治疗手段。

所获荣誉

入选中组部“青年千人”计划

代表论文

Flynn RA*, Zhang QC*, Spitale RC*, Lee B, Mumbach MR, and Chang HY. (2015) icSHAPE: Transcriptome-wide interrogation of RNA secondary structure in living cells. Nature Protocol. (In press, *Co-first authorship).

2. Spitale R*, Flynn RA*, Zhang QC*, Pete Crisalli, Byron Lee, Jong-Wha Jung, Hannes Y. Kuchelmeister, Pedro J. Batista, Eduardo A. Torre, Eric T. Kool, and Chang HY. (2015) Structural imprints in vivo decode mechanisms of RNA regulation. Nature. 519 (7544): 486-90. (*Co-first authorship)

3. Chu C, Zhang QC, Texira S, Bharadwaj M, Calabrese M, Magnuson T, Heard H and Chang HY. (2015) Developmentally regulated and modular assembly of Xist RNA binding proteins coordinate chromatin silencing. Cell. 161 (2): 404-16.

4. Wan Y*, Qu K*, Zhang QC, Manor O, Ouyang Z, Zhang J, Snyder MP, Segal E and Chang HY. (2014) Landscape and variation of RNA secondary structure across the human transcriptome. Nature, 505 (7485), 706-9.

5. Zhang QC, Petrey D, Garzon J, Deng L, and Honig B. (2013) PrePPI: A structure-informed database of protein-protein interactions. Nucleic Acids Research, 41:D828-33.

6. Zhang QC*, Petrey D*, Deng L, Qiang L, Shi Y, Chan AT, Bisikirska B, Lefebvre C, Accili D, Hunter T, Maniatis T, Califano A, and Honig B. (2012) Structure-based prediction of protein- protein interactions on a genome-wide scale. Nature, 490 (7421): 556-560 (*Co-first authorship)

7. Zhang QC*, Deng L*, Guan J, Honig B and Petrey D. PredUs: a web server for predicting protein interfaces using structural neighbors. (2011) Nucleic Acids Research, 39: W283-87.

 8. Zhang QC, Petrey D, Norel R, and Honig B, Protein interface conservation across structural space. (2010) Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(24): 10896-109.  

联系方式

清华大学生命科学学院

北京100084，中国

电话：+86-10-62796439

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实验室网站：http://zhanglab.life.tsinghua.edu.cn/

于慧敏 

清华大学   化学工程系

教授，博士生导师

教育经历

1996年         获清华大学学士学位

2001年         获清华大学生物化工专业工学博士学位

2001--2005年    清华大学化工系任职讲师和副研究员

2005-2006年     美国麻省理工学院化工系做访问学者

2012年         清华大学研究员

研究方向

主要从事工业生物催化及纳米生物技术研究，尤其是采用前沿合成生物学和应用生物信息学方法，发现或改造生物催化剂（酶和细胞），通过生物-化学集成方法，强化生物过程，构筑工业环境中高效稳定的生物催化剂和生物催化新工艺。

目前承担国家 863、973、自然科学基金等科研项目多项。在生物法合成丙烯酰胺、丙烯酸铵、脂肽类生物表面活性剂、透明质酸等油田化学品、精细化学品和医药化学品领域，取得突出成果，并与山东宝莫、大庆炼化、常州天天等公司开展多项产业化技术合作与开发，效益显著。

担任职务

现任预研专家组专家；曾任国家自然科学基金委金属材料科学十二五规划专家；中国生物工程学会工业与环境生物技术专委会秘书；Metabolic Engineering，Bioresource Technology，Biotechnology and Bioengineering等20余种国际期刊审稿人；《化工学报》、《生物工程学报》、《微生物学通报》等10多种国内期刊审稿人。

所获荣誉

2003年获全国百篇优秀博士论文奖，2004年获清华大学华新杰出学者奖，2007年获北京市科技新星称号。2008年入选教育部新世纪优秀人才。2010年获中国石油和化学工业协会青年科技突出贡献奖，2013年获技术发明二等奖。

代表论文

Xu Li, Huan Yang, Donglai Zhang, Xue Li, Huimin Yu* & Zhongyao Shen. Overexpression of specific proton motive force-dependent transporters facilitate the export of surfactin in Bacillus subtilis. Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology: 2015, 42(1), 93-103.

Huan Yang, Xu Li, Xue Li, Huimin Yu* and Zhongyao Shen. Identification of lipopeptide isoforms by tandem MALDI-TOF-MS/MS based on the simultaneous purification of iturin, fengycin and surfactin by RP-HPLC. Analytical and Bioanalytical Chemistry. 2015, 407(9): 2529-2542.

Jie Chen, Huimin Yu*, Changchun Liu, Jie Liu and Zhongyao Shen. Improving stability of nitrile hydratase by bridging the salt-bridges in specific thermal-sensitive regions. Journal of Biotechnology, 2012, 164: 354–362.

Yuchao Ma, Huimin Yu*, Wenyu Pan, Changchun Liu and Zhongyao Shen. Identification of nitrile hydratase-producing Rhodococcus ruber TH and characterization of the amiE-inactivation mutant. Bioresource technology, 2010, 101(1): 285-291.

Huimin Yu* and Gregory Stephanopoulos*. Metabolic Engineering of Escherichia coli for biosynthesis of hyaluronic acid. Metabolic Engineering. 2008, 10(1): 24-32.

联系方式

清华大学化学工程系

北京100084，中国

电话：+86-10-62795492

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杨雪瑞 

清华大学   生命科学学院

研究员

教育经历

2003年         获清华大学化学工程系学士学位

2009年         获密歇根州立大学双专业博士学位

2009-2012年    哥伦比亚大学系统生物学系及Herbert Irving癌症研究中心做博士后研究2012-至今       清华大学生命科学学院特别研究员、博导，清华-北大生命科学联合中心

    研究员

 研究方向

主要从事肿瘤系统生物学及分子与细胞生物学的跨学科研究：利用交叉学科的优势，结合系统生物学、基因组学、生物信息学及分子与细胞生物学的方法，系统研究肿瘤中的基因多级调控通路与网络，并针对重要基因及通路开展深入的分子生物学研究，为疾病诊断及治疗方案提供分子生物学基础。

  实验室有机地结合计算与实验的优势，并开展广泛的合作研究。目前的研究集中于转录后(post-transcription)及转译(translation)相关的调节机理及其在肿瘤发生中的作用

所获荣誉

入选中组部“青年千人”计划

联系方式

清华大学生命科学学院

北京100084，中国

电话：+86-10-62783943

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闫建斌 

清华大学   生命科学学院

助理教授

教育经历

2010年         获清华大学生命科学学院博士学位

2010-2013年    先后于清华大学、美国麻省理工学院做博士后研究

2013-至今       清华大学生命科学学院助理教授

研究方向

从事“植物合成生物学”的研究，具有优秀的研究能力，在Plant Cell，Curr Opin Plant Biol，Biotechnol Biofuels等国际著名杂志发表多篇文章。其中的两项研究，在国际上首次证明植物激素茉莉素信号转导途径的受体和发现F-box蛋白体内降解调控的新机制，由于其重大的科学意义，分别获得Faculty of 1000的收录及推荐。同时，对合成生物学技术有着很深的了解，已开发了多种生物能源和天然产物的生物细胞反应器生产法。此外，对于生物技术产业有着深入的理解，正在开发基于菌群合成生物学的综合利用纤维素或生化废弃物的固相或液相发酵工艺。

代表论文

Du R, Yan J, Li S, Zhang L, Zhang S, Li J, Zhao G, Qi P. Cellulosic ethanol production by natural bacterial consortia is enhanced by Pseudoxanthomonas taiwanensis. Biotechnol Biofuels. 2015, 8: 10.

Yan J, Li H, Li S, Yao R, Deng H, Xie Q, Xie D. The Arabidopsis F-box protein CORONATINE INSENSITIVE1 is stabilized by SCFCOI1 and degraded via the 26S proteasome pathway. Plant Cell. 2013, 25: 486-498.

Yan J, Zhang C, Gu M, Bai Z, Zhang W, Qi T, Cheng Z, Peng W, Luo H, Nan F, Wang Z, Xie D. The Arabidopsis CORONATINE INSENSITIVE1 protein is a jasmonate receptor. Plant Cell. 2009, 21: 2220-2236.

联系方式

清华大学生命科学学院

北京100084，中国

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