张学工
清华大学 自动化系/信息科学与技术国家实验室
教授，博士生导师
教育经历
1989年 获清华大学自动化系学士学位
1994年 获清华大学模式识别与智能系统专业博士学位
2001--2002年 哈佛大学公共卫生学院高级访问学者
现为清华大学自动化系教授、生命学院和医学院兼职教授
研究方向
主要研究方向是模式识别、生物信息学与系统生物学。在高通量组学数据处理与分析方法、RNA测序与选择性剪接调控、宏基因组分析、生物大数据机器学习与精准医学应用方面取得多项成果。
担任职务
清华信息科学与技术国家实验室生物信息学研究部主任，清华大学学术委员会委员，中国人工智能学会生物信息学与人工生命专业委员会主任、中国生物物理学会生物信息学与理论生物物理专业委员会副主任、中国生物工程学会生物信息学与计算生物学专业委员会（筹）常务副主任。
所获荣誉
2006年获得国家杰出青年基金获得者，是国家级精品课程主讲人，2011年成为国家九七三计划首席科学家，曾获国家科技进步二等奖、国家级教学成果二等奖等，
联系方式
清华大学自动化系
北京100084，中国
电话：+86-10-62794919
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张强锋
清华大学 生命科学学院 研究员
教育经历
2000年 中国科学技术大学学士学位
2006年 中国科学技术大学计算机科学博士学位
2012年 哥伦比亚大学生物化学和分子生物物理博士学位
2012-2015年 分别在哥伦比亚大学、斯坦福大学进行博士后研究工作
2015年 清华大学研究员
研究方向
研究方向是计算和高通量实验相结合的结构系统生物学（Structural Systems Biology）。通过深入分析蛋白质局部三维结构在全结构空间的相似相关性, 发展了基于结构的蛋白相互作用粗粒度建模和在全基因组水平上重构蛋白互作网络的准确有效算法（Nature 2012， PNAS 2010）。张强锋博士并且发展了利用酶切或者小分子探针，并结合下一代测序（Next Generation Sequencing）的方法来测定细胞外或细胞内 RNA结构的高通量实验方法（Nature 2014，Nature 2015），实验结果从全转录组水平揭示了RNA结构是如何影响其功能的，以及RNA结构如何可能和疾病关联。张强锋博士还参与了蛋 白-RNA相互作用实验检测方法的研发与验证，该方法为研究RNA特别是非编码RNA功能和调控作用提供了有效手段。
张强锋博士最近的研究兴趣是使应用这些结构系统生物学方法研究蛋白质－RNA相互作用的机制及有效预测，非编码RNA的结构、功能及进化，以及疾人类病特别是癌症和由RNA病毒引起的传染病的分子机理和有效治疗手段。
所获荣誉
入选中组部“青年千人”计划
代表论文
Flynn RA*, Zhang QC*, Spitale RC*, Lee B, Mumbach MR, and Chang HY. (2015) icSHAPE: Transcriptome-wide interrogation of RNA secondary structure in living cells. Nature Protocol. (In press, *Co-first authorship).
2. Spitale R*, Flynn RA*, Zhang QC*, Pete Crisalli, Byron Lee, Jong-Wha Jung, Hannes Y. Kuchelmeister, Pedro J. Batista, Eduardo A. Torre, Eric T. Kool, and Chang HY. (2015) Structural imprints in vivo decode mechanisms of RNA regulation. Nature. 519 (7544): 486-90. (*Co-first authorship)
3. Chu C, Zhang QC, Texira S, Bharadwaj M, Calabrese M, Magnuson T, Heard H and Chang HY. (2015) Developmentally regulated and modular assembly of Xist RNA binding proteins coordinate chromatin silencing. Cell. 161 (2): 404-16.
4. Wan Y*, Qu K*, Zhang QC, Manor O, Ouyang Z, Zhang J, Snyder MP, Segal E and Chang HY. (2014) Landscape and variation of RNA secondary structure across the human transcriptome. Nature, 505 (7485), 706-9.
5. Zhang QC, Petrey D, Garzon J, Deng L, and Honig B. (2013) PrePPI: A structure-informed database of protein-protein interactions. Nucleic Acids Research, 41:D828-33.
6. Zhang QC*, Petrey D*, Deng L, Qiang L, Shi Y, Chan AT, Bisikirska B, Lefebvre C, Accili D, Hunter T, Maniatis T, Califano A, and Honig B. (2012) Structure-based prediction of protein- protein interactions on a genome-wide scale. Nature, 490 (7421): 556-560 (*Co-first authorship)
7. Zhang QC*, Deng L*, Guan J, Honig B and Petrey D. PredUs: a web server for predicting protein interfaces using structural neighbors. (2011) Nucleic Acids Research, 39: W283-87.
8. Zhang QC, Petrey D, Norel R, and Honig B, Protein interface conservation across structural space. (2010) Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(24): 10896-109.
联系方式
清华大学生命科学学院
北京100084，中国
电话：+86-10-62796439
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实验室网站：http://zhanglab.life.tsinghua.edu.cn/
于慧敏
清华大学 化学工程系
教授，博士生导师
教育经历
1996年 获清华大学学士学位
2001年 获清华大学生物化工专业工学博士学位
2001--2005年 清华大学化工系任职讲师和副研究员
2005-2006年 美国麻省理工学院化工系做访问学者
2012年 清华大学研究员
研究方向
主要从事工业生物催化及纳米生物技术研究，尤其是采用前沿合成生物学和应用生物信息学方法，发现或改造生物催化剂（酶和细胞），通过生物-化学集成方法，强化生物过程，构筑工业环境中高效稳定的生物催化剂和生物催化新工艺。
目前承担国家 863、973、自然科学基金等科研项目多项。在生物法合成丙烯酰胺、丙烯酸铵、脂肽类生物表面活性剂、透明质酸等油田化学品、精细化学品和医药化学品领域，取得突出成果，并与山东宝莫、大庆炼化、常州天天等公司开展多项产业化技术合作与开发，效益显著。
担任职务
现任预研专家组专家；曾任国家自然科学基金委金属材料科学十二五规划专家；中国生物工程学会工业与环境生物技术专委会秘书；Metabolic Engineering，Bioresource Technology，Biotechnology and Bioengineering等20余种国际期刊审稿人；《化工学报》、《生物工程学报》、《微生物学通报》等10多种国内期刊审稿人。
所获荣誉
2003年获全国百篇优秀博士论文奖，2004年获清华大学华新杰出学者奖，2007年获北京市科技新星称号。2008年入选教育部新世纪优秀人才。2010年获中国石油和化学工业协会青年科技突出贡献奖，2013年获技术发明二等奖。
代表论文
Xu Li, Huan Yang, Donglai Zhang, Xue Li, Huimin Yu* & Zhongyao Shen. Overexpression of specific proton motive force-dependent transporters facilitate the export of surfactin in Bacillus subtilis. Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology: 2015, 42(1), 93-103.
Huan Yang, Xu Li, Xue Li, Huimin Yu* and Zhongyao Shen. Identification of lipopeptide isoforms by tandem MALDI-TOF-MS/MS based on the simultaneous purification of iturin, fengycin and surfactin by RP-HPLC. Analytical and Bioanalytical Chemistry. 2015, 407(9): 2529-2542.
Jie Chen, Huimin Yu*, Changchun Liu, Jie Liu and Zhongyao Shen. Improving stability of nitrile hydratase by bridging the salt-bridges in specific thermal-sensitive regions. Journal of Biotechnology, 2012, 164: 354–362.
Yuchao Ma, Huimin Yu*, Wenyu Pan, Changchun Liu and Zhongyao Shen. Identification of nitrile hydratase-producing Rhodococcus ruber TH and characterization of the amiE-inactivation mutant. Bioresource technology, 2010, 101(1): 285-291.
Huimin Yu* and Gregory Stephanopoulos*. Metabolic Engineering of Escherichia coli for biosynthesis of hyaluronic acid. Metabolic Engineering. 2008, 10(1): 24-32.
联系方式
清华大学化学工程系
北京100084，中国
电话：+86-10-62795492
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杨雪瑞
清华大学 生命科学学院
研究员
教育经历
2003年 获清华大学化学工程系学士学位
2009年 获密歇根州立大学双专业博士学位
2009-2012年 哥伦比亚大学系统生物学系及Herbert Irving癌症研究中心做博士后研究2012-至今 清华大学生命科学学院特别研究员、博导，清华-北大生命科学联合中心
研究员
研究方向
主要从事肿瘤系统生物学及分子与细胞生物学的跨学科研究：利用交叉学科的优势，结合系统生物学、基因组学、生物信息学及分子与细胞生物学的方法，系统研究肿瘤中的基因多级调控通路与网络，并针对重要基因及通路开展深入的分子生物学研究，为疾病诊断及治疗方案提供分子生物学基础。
实验室有机地结合计算与实验的优势，并开展广泛的合作研究。目前的研究集中于转录后(post-transcription)及转译(translation)相关的调节机理及其在肿瘤发生中的作用
所获荣誉
入选中组部“青年千人”计划
联系方式
清华大学生命科学学院
北京100084，中国
电话：+86-10-62783943
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邢新会
清华大学 化学工程系
教授，博士生导师
教育经历
1985年 获华南工学院（现华南理工大学）应用化学系学士学位
1989年 获日本宇都宫大学应用化学专业工学硕士学位
1992年 获日本东京工业大学生物工程专业工学博士学位
1992.4-1998.2 任东京工业大学生命理工学部助理教授
1998.3-2001.7 任横滨国立大学工学部物质工学科讲师、副教授
2000 年通过清华大学“百人计划”引进到清华大学化工系工作，任教授至今。
研究方向
研究思路：以整合生物技术为研究方向，为工业生物技术和环境生物工程提供核心技术和工艺。
研究领域：生物化工，环境生物技术，生物能源，酶工程，生物进化
已在国际、国内学术刊物和国际会议上发表论文400余篇(其中SCI收录130余篇，EI收录100余篇)，合作著书8本，译著教材2部，申请发明专利80余项，其中一项国际专利，获得发明专利40余项。
担任职务
现任清华大学化工系生物化工研究所所长，清华大学化工系副主任，工业生物催化教育部重点实验室常务副主任。担任《食品与生物技术学报》和《生物技术产业》编委，《Journal of Bioscience and Bioengineering》主编，《Biochemical Engineering Journal》副主编，《Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic》、《Enzymatic and Microbial Technology》、《Journal of Biotechnology》、《Food Sciences and Human Wellness》和《Industrial Biotechnology》编委。
所获荣誉
第17届全国发明展览会奖银奖(2007)，北京市科学技术奖三等奖（2008），中国石油和化学工业协会技术发明奖二等奖（2009）， 中国侨界贡献奖（创新人才）（2010）。
联系方式
清华大学化学工程系
北京100084，中国
电话：+86-10-62794771
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谢震
清华大学 信息科学与技术国家实验室
研究员，博士生导师
教育经历
1998年 获山东农业大学学士学位
2001年 获山东农业大学硕士学位
2006年 获美国内华达大学拉斯维加斯分校生物学博士
2006-2010年 哈佛大学系统生物学中心从事博士后研究
2010-2011年 麻省理工学院生物工程系、计算机与人工智能实验室从事博士后研究
2012起 任职清华大学研究员
研究方向
主要研究兴趣包括建立合成生物学使能技术平台，利用合成基因元件和基因线路研究转录、后转录调控网络的设计原理和基因相互作用网络的 调控机制，构建以非破坏性方式监控细胞状态变化的合成生物系统，致力于生物基因功能网络研究和基因治疗应用领域中的关键技术研究。在包括Science、Nature子刊、PNAS、NAR等杂志发表SCI论文19篇。
担任职务
现任 《Quantitative Biology》助理主编
所获荣誉
2011年11月入选第一批国家‘青年千人’计划
代表论文
Li Y, Jiang Y, Chen H, Lian W, Li Z, Weiss R, Xie Z. Modular construction of mammalian gene circuits using TALE transcriptional repressors. Nat Chem Biol. 2015, 11:207-13.
Schmid-Burgk JL, Xie Z, Frank S, Virreira-Winter S, Mitschka S, Kolanus W, Murray A, Benenson Y. Rapid hierarchical assembly of medium-size DNA cassettes. Nucleic Acids Res. 2012, 40:e92.
Leisner M, Bleris L, Lohmueller J, Xie Z and Benenson Y. MicroRNA circuits for transcriptional logic. Methods Molecular Biology. 2012, 813:169-86.
Xie Z., Wroblewska L, Prochazka L, Weiss R, Benenson Y. Multi-input RNAi-based logic circuit for identification of specific cancer cells. Science.2011, 333:1307-11.
Bleris L, Xie Z, Glass D, Adadey A, Sontag E, Benenson Y. Synthetic incoherent feed-forward circuits show adaptation to the amount of their genetic template. Molecular Systems Biology .2011, 7:519.
Leisner M, Bleris L, Lohmueller J, Xie Z, Benenson Y. Rationally designed logic integration of regulatory signals in mammalian cells. Nature Nanotechnology. 2010, 5: 666-70.
Xie Z, Liu SJ, Bleris L, Benenson Y. Logic integration of mRNA signals by an RNAi-based molecular computer. Nucleic Acids Research. 2010, 38: 2692-2701.
联系方式
清华大学信息科学与技术国家实验室
北京100084，中国
电话：+86-10-62796050
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吴琼
清华大学 生命科学学院
研究员，博士生导师
教育经历
1996年 获清华大学生物科学与技术系学士学位
2001年 获清华大学生化及分子生物学博士学位
2001年 被聘为清华大学生命科学学院讲师
2006年 成为清华大学生命科学学院副研究员
2010年 成为博士生导师
研究方向
多年来从事组织工程、生物医用材料、生物工程领域的研究，目前研究集中在用合成生物学方法精确调控体内的软骨组织和血管再生的过程，包括对软骨再生过程的调控网络和血管再生过程的通讯机制的研究，精确调控组织工程种子细胞的合成生物学方法的发展，以及用于组织工程的PHA生物材料的开发。至今已发表SCI论文60多篇。
所获荣誉
曾作为第三完成人获得2011年北京科技进步一等奖、2002年国家技术发明二等奖、2004年北京市教学成果一等奖、2005年第五届高等教育国家级教学成果二等奖，2008年作为第四完成人获得清华大学研究创新性生物学实验课程建设优秀教学成果二等奖，2008年入选教育部“新世纪优秀人才教育计划”。
代表论文
Yao Y, Jin SH, Long HZ, Yu YT, Zhang ZM, Cheng G, Xu CW, Ding Y, Guan Q, Li N, Fu SN, Chen XJ, Yan YB, Zhang HS, Tong P, Tan Y, Yu Y, Fu SS, Li J, He GJ and Wu Q. RNAe: an effective method for targeted protein translation enhancement by artificial non-coding RNA with SINEB2 repeat. Nucleic Acids Res. 2015, 43:e58.
Li JX, Ma Y, Teng RF, Guan Q, Lang JD, Fang JH, Long HZ, Tian G, Wu Q. Transcriptional profiling reveals crosstalk between mesenchymal stem cells and endothelial cells promoting prevascularization by reciprocal mechanisms. Stem Cells Dev. 2015, 24: 610-23.
Yao Y, He Y, Guan Q, Wu Q. A tetracycline expression system in combination with Sox9 for cartilage tissue engineering. Biomaterials. 2014, 35: 1898-1906.
Lin X, Wu L, Zhang ZM., Yang RH, Guan Q, Hou XF, Wu Q. MiR-335-5p promotes chondrogenesis in mouse mesenchymal stem cells and is regulated through two positive feedback loops. Journal of Bone and Mineral Research. 2014, 29: 1575-1585.
Wang Y, Jiang XL, Yang SC, Lin X, He Y, Yan C,Wu L, Chen GQ, Wang ZY, Wu Q. MicroRNAs in the regulation of interfacial behaviors of MSCs cultured on microgrooved surface pattern Biomaterials. 2011, 32: 9207-9217.
联系方式
清华大学生命科学学院
北京100084，中国
电话：+86-10-62771664
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魏平
北京大学 定量生物学中心
研究员
教育经历
2002年 获南开大学学士学位
2007年 获北京大学博士学位
2007-2009年 北京大学-加州大学旧金山分校联合培养博士后
2009-2013年 霍华德修斯医学研究所做博士后研究
2013年 北京大学研究员
研究方向
主要着力于开发合成生物学研究工具，应用合成生物学的方法来研究和改造细胞命运决定过程中起重要作用的信号转导网络，如MAPK信号通路和NF-κB信号通路等。并用合成生物学方法重新编程甚至全新设计这些信号转导网络，创造出能够更加“聪明的”人造细胞。
代表论文
Wei P, Wong WW, Park JS, Corcoran EE, Peisajovich SG, Onuffer JJ, Weiss A, Lim WA. Bacterial virulence proteins as tools to rewire kinase pathways in yeast and immune cells. Nature. 2012, 488: 384-388.
Peisajovich SG, Garbarino JE, Wei P, Lim WA. Rapid diversification of cell signaling phenotypes by modular domain recombination. Science. 2010, 328: 368-372.
Liang H, Chen H, Fan F, Wei P, Guo X, Jin C, Zeng C, Tang C, Lai L. De novo design of a beta alpha beta motif. Angew Chem Int Ed Engl. 2009, 48:3301-3.
Chen H, Wei P, Huang C, Tan L, Liu Y, Lai L. Only one protomer is active in the dimer of SARS 3C-like proteinase. J. Biol. Chem. 2006, 281: 13894-13898.
Wei P, Fan K, Chen H, Ma L, Huang C, Tan L, Xi D, Li C, Liu Y, Ca A, Lai L. The N-terminal octapeptide acts as a dimerization inhibitor of SARS coronavirus 3C-like proteinase. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 339: 865-872.
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北京大学定量生物学中心
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魏迪明
清华大学 生命科学学院
研究员
教育经历
2002年 获北京大学生命科学学院学士学位
2009年 获香港科技大学化学工程系博士学位
2010-2014年 哈佛大学维斯研究院博士后研究
2014-至今 清华大学生命科学学院研究员
研究方向
从博士研究生至今十多年时间一直从事DNA纳米科技领域的研究，并将致力于将所发展的技术用于解决生命科学的重要问题。
所获荣誉
入选中组部“青年千人”
代表论文
Wei B*, Ong LL, Chen J, Jaffe AS and Yin P*. Complex reconfiguration of DNA nanostructures. Angewandte Chemie International. 2014, 53:7475-7479.
Wei B, Dai MJ, Myhrvold C, Ke YG, Jungmann R and Yin P*. Design space for complex DNA structures. Journal of the American Chemical Society. 2013,135: 18080−18088.
Wei B, Dai MJ and Yin P*. Complex shapes self-assembled from single-stranded DNA tiles. Nature, 2012, 485: 623-626. highlighted as one of the ten articles in 2012 Editors’ choice of Nature
He XJ, Wei B and Mi YL*.Aptamer based reversible DNA induced hydrogel system for molecular recognition and separation. Chemical Communications. 2010, 46: 6308-6310.
Wei B, Cheng I, Luo KQ and Mi YL*. Capture and release of protein by a reversible DNA-induced sol–gel transition system. Angewandte Chemie International. 2008, 47:331-333.
联系方式
清华大学生命科学学院
北京100084，中国
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