Super User

Super User

星期四, 22 10月 2015 11:30

2011

Kang, T., White, J. T., Xie, Z., Benenson, Y., Sontag, E., & Bleris, L. (2013). Reverse Engineering Validation using a Benchmark Synthetic Gene Circuit in Human Cells. ACS Synthetic Biology. doi:10.1021/sb300093y

Kashyap, N., Pham, B., Xie, Z., & Bleris, L. (2013). Transcripts for combined synthetic microRNA and gene delivery. Molecular bioSystems. doi:10.1039/c3mb70043g

Guo W, Chung, W-Y, Qian, M, Pellegrini, M, Zhang, MQ (2013). Characterizing the strand-specific distribution of non-CpG methylation in human pluripotent cells. NAR. In press.

Guo W, Fiziev P, Yan W, Cokus S, Sun X, Zhang MQ, Chen PY, Pellegrini M (2013) BS-Seeker2: a versatile aligning pipeline for bisulfite sequencing data. BMC Genomics. 2013 Nov 10;14(1):774.

Jiang R, Zhang X, Zhang MQ (2013) Basics of Bioinformatics: Lecture Notes of Graduate Summer School on Bioinformatics of China. Book, ISBN-10:3642389503, ISBN-13: 978-3642389504. Springer 2013 edition.

Chen Y, Ding Y, Yang L, Yu J, Liu G, Wang X, Zhang S, Yu D, Song L, Zhang H, Zhang C, Huo L, Huo C, Wang Y, Du Y, Zhang H, Zhang P, Na H, Xu S, Zhu Y, Xie Z, He T, Zhang Y, Wang G, Fan Z, Yang F, Liu H, Wang X, Zhang X, Zhang MQ, Li Y, Steinbüchel A, Fujimoto T, Cichello S, Yu J, Liu P. (2013) Integrated omics study delineates the dynamics of lipid droplets in Rhodococcus opacus PD630. NAR, [Epub ahead of print], PMID:24150943.

Tam KW, Zhang W, Soh J, Stastny V, Chen M, Sun H, Thu K, Rios JJ, Yang C, Marconett CN, Selamat SA, Laird-Offringa IA, Taguchi A, Hanash S, Shames D, Ma X, Zhang MQ, Lam WL, Gazdar A (2013) CDKN2A/p16 Inactivation Mechanisms and Their Relationship to Smoke Exposure and Molecular Features in Non-Small-Cell Lung Cancer. J Thorac Oncol. 8:1378-88. PMID:24077454.

Wu D, Gu J, Zhang MQ. (2013) FastDMA: An Infinium HumanMethylation450 Beadchip Analyzer. PLoS One. 2013 Sep 5;8(9):e74275. PMID:24040221.

Kim MV, Ouyang W, Liao W, Zhang MQ, Li MO. (2013) The transcription factor Foxo1 controls central-memory CD8+ T cell responses to infection. Immunity. 39:286-97. PMID:23924514.

Qin J, Li MJ, Wang P, Wong NS, Wong MP, Xia Z, Tsao GS, Zhang MQ, Wang J (2013) ProteoMirExpress: inferring microRNA-centered regulatory networks from high throughput proteomic and mRNA expression data. Mol. Cell. Proteomics, [PubMed – in process] PMID:23924514.

Zhou D, Wu D, Li Z, Qian M, Zhang MQ (2013) Population dynamics of cancer cells with cell-state conversions. Quant. Biol. 2:2095-4689. DOI: 10.1007/s40484-013-0014-2.

Xie W, Schultz M, Lister R, Hou Z, Rajagopal N, Ray P, Whitaker JW, Tiam S, Hawkins DR, Leung D, Yang H, Wang T, Swanson SA, Zhang J, Zhu Y, Lee AY, Kim A, Nery J, Urich MA, Kuan S, Yen C, Klugman S, Yu P, Suknuntha K, Propson NE, Chen H, Edsall LE, Wagner U, Li Y, Ye Z, Kulkarni A, Xuan Z, Chung W, Chi NC, Antosiewicz-Bourget J, Slukvin I, Stewart R, Zhang MQ, Wang W, Thomson JA, Eckert JR, Ren B (2013) Epigenomic Analysis of Multi-lineage Differentiation of Human Embryonic Stem Cells. Cell, 153:1134-48. PMID:23664764.

Wen-Yu Chung, Robert J. Schmitz, Tanya Biorac, Delia Ye, Miroslav Dudas, Gavin D. Meredith, Christopher C. Adams, Joseph R. Ecker and Michael Q. Zhang (2013) Constructing hepitypes: phasing local genotype and DNA methylation. JNSNE, In press.

May P, Liao W, Wu Y, Shuai B, McCombie WR, Zhang MQ, Liu QA (2013) The Effects of Carbon Dioxide and Temperature on microRNA Expressions in Arabidopsis Development. Nat. Comm. 4:2145. PMID:23900278.
Ma X, Wang YW, Zhang MQ, Gazdar AF (2013) DNA methylation data analysis and its application to cancer research. Epigenomics. 5:301-16. PMID:23750645.

Wu J, Anczuków O, Krainer AR, Zhang MQ*, Zhang C* (2013) OLego: fast and sensitive mapping of spliced mRNA-Seq reads using small seeds. Nucl. Acid. Res. 41:5149-5163. PMID:23571760.

Wang C, Zhang MQ, Zhang Z (2013) Computational identification of active enhancers in model organisms. Genomics, Proteomics Bioinformatics, pii:S1672-0229(13)00047-8. PMID:23685394.

Megha Rajaram; Jianping Zhang; Tim Wang; Cem Kuscu; Mamoru Kato; Vladimir Grubor; Robert Weil; Asluag Helland; Anne-Lise Borrenson-Dale; Kathleen Cho; Douglas A Levine; Alan N Houghton; Jedd D Wolchok; Lois Myeroff; Sanford D Markowitz; Michael Zhang; Alex Krasnitz; Robert Lucito; David Mu; Scott Powers (2013) Two Distinct Categories of Focal Deletions in Cancer Genomes. PLoS ONE, 8:e66264. PMID:23805207.

Jin Gu, Zhenyu Xuan. Inferring the perturbed microRNA regulatory networks in cancer using hierarchical gene co-expression signatures. PLoS ONE 2013, 8(11):e81032.

Dingming Wu, Jin Gu, Michael Zhang. FastDMA: An Infinium HumanMethylation450 Beadchip Analyzer. PLoS ONE 2013, 8(9):e74275.

Ting Wang, Jin Gu, Jun Yuan, Ran Tao, Yanda Li, Shao Li. Inferring pathway crosstalk networks using gene set co-expression signatures. Molecular BioSystems 2013, 9(7):1822-1888.

Rui Li, Tao Ma, Jin Gu, Xujun Liang, Shao Li. Imbalanced network biomarkers for traditional Chinese medicine Syndrome in gastritis patients. Scientific Reports 2013, 3:1543.

Feng Zeng, Rui Jiang, Ting Chen, PyroHMMsnp: a SNP caller for Ion Torrent and 454 sequencing data, Nucleic Acids Research, accepted, 2013.

Li R, Ma T, Gu J, Liang X, Li S. Imbalanced network biomarkers for traditional Chinese medicine Syndrome in gastritis patients. Scientific Reports 2013;3:1543.

Zhang B, Wang X, Li S. An integrative platform of TCM network pharmacology and its application on an herbal formula, Qing-Luo-Yin. Evidence-based.

Zhang B, Liu L, Zhao S, Wang X, Liu L, Li S. Vitexicarpin acts as a novel angiogenesis inhibitor and its target network. Evidence-based Complementary and Alternative Medicine 2013:278405.

Freeberg MA, Han T,Moresco JJ, Kong A, Yang YC2, Lu ZJ2, Yates JR, Kim JK. (2013) Pervasive and dynamic protein binding sites of the mRNA transcriptome in Saccharomyces cerevisiae. Genome Biology.

Kudron M, Niu W, Lu Z, Wang G, Gerstein M, Snyder M, Reinke V. (2013) Tissue-specific direct targets of Caenorhabditis elegans Rb/E2F dictate distinct somatic and germline programs. Genome Biology.

Matthew H Larson, Luke A Gilbert, Xiaowo Wang, Wendell A Lim, Jonathan S Weissman & Lei S Qi, CRISPR interference (CRISPRi) for sequence-specific control of gene expression, Nature Protocols, 2013; 8, 2180–2196.

    2014年8月6日清华大学生命科学学院邓海腾课题组在《Molecular & Cellular Proteomics》上在线发表了题为"Down-regulation of Rab 5C-dependent Endocytosis and Glycolysis in Cisplatin-resistant Ovarian Cancer Cell Lines"的研究论文。该论文通过定量蛋白质组学分析,发现了多个与卵巢癌细胞顺铂耐药性相关的因素,包括Rab 5C调控的内吞作用,糖酵解相关蛋白和波形蛋白的下调,以及抗氧化蛋白的上调,为系统理解卵巢癌细胞的耐药机制提供了实验依据。


  耐药性一直是卵巢癌临床治疗上的屏障,严重影响卵巢癌患者的生存率。本项工作通过对非耐药的卵巢癌细胞进行顺铂递增浓度的处理和筛选,建立起了顺铂耐药的细胞系;然后利用TMT标记的定量蛋白质组学方法,鉴定出卵巢癌细胞A2780及其顺铂耐药细胞A2780-DR中有差异表达的蛋白340个;并利用生物信息学的方法对这些差异蛋白进行功能的分析及分类。其中,作者发现Rab 5C在耐药细胞中的表达是下调的。Rab 5C调控细胞的内吞过程。为了证明Rab 5C的下调影响顺铂在细胞中的积累从而导致耐药。作者对A2780细胞中的Rab5C进行了shRNA介导的基因沉默, 结果发现基因沉默可增加细胞对顺铂的耐药性;相反,过表达Rab 5C可使细胞对顺铂更加敏感。这些结果显示卵巢癌细胞的耐药性由多个因素决定,包括Rab 5C和Rab 11B调控的细胞內吞作用。


  本论文的通讯作者为清华大学生命科学学院的邓海腾教授,该课题组的二年级博士生霍祎是该论文的并列第一作者,生物医学测试中心蛋白质化学平台的技术人员参与了该项工 作的样品分析。该研究受国家自然科学基金(31270871)和清华-北大生命科学联合中心经费的支持。

0827 t2

星期四, 22 10月 2015 09:46

聚焦超声外科的兴起

清华大学生物医学工程系

时间:5月20日19:00
地点:医学科学楼B321
报告人:重庆医科大学生物医学工程学院 王智彪教授


报告摘要
上个世纪40年代,美国科学家J.G Lynn首次提出将体外发射的超声波聚焦到体内对肿瘤进行手术治疗的设想。随后英、美、日、法、德、以等国也纷纷投入大量人力物力到该领域的研究。

在中国,从上世纪80年代开始,重庆医科大学联合南京大学、上海交通大学、中国科学院声学研究所、西安交通大学等单位潜心于聚焦超声外科技术的生物医学工程理论与临床相结合的研究。科研团队用实验科学的方法,从数千吨离体牛肝实验,再发展到小鼠、兔、香猪到恒河猴等动物实验,完成了上万例动物实验,对超声在组织内聚焦规律及剂量学等关键问题进行了深入研究,首次提出“生物学焦域”(Biological Focal Region,BFR)概念,以及生物学焦域与超声在理想声场中的声学焦域(Acoutic Focal Region,AFR)的对比定量研究。通过对生物学效应、治疗剂量学、组织声环境以及改变组织声环境等的研究,初步建立了聚焦超声外科的基础理论体系。

以此为基础,相继开发出了聚焦超声外科的设备,形成了临床方案,培养了世界上首批聚焦超声外科的专科医生,并在全球率先推向临床应用。全世界第一例聚焦超声保肢治疗骨肿瘤、保乳治疗乳腺癌、保肝治疗肝癌、保子宫治疗子宫肌瘤等均诞生在中国,患者至今生存长达15年以上。迄今为止,超声治疗系列化设备已在全球2000余家医院安装使用,累计治疗肿瘤及非肿瘤患者200余万例。

王智彪,医学博士,妇产科主任医师,重庆医科大学生物医学工程学院教授、博士生导师,超声医疗国家工程研究中心主任,中国生物医学工程学会副理事长。国家杰出青年基金获得者,973项目及自然基金委重大科研仪器设备研制专项首席科学家。主要研究方向:超声治疗学、妇产科学。多年来致力于妇科常见疾病子宫肌瘤、子宫腺肌病、宫颈炎症相关疾病以及外阴白色病变的微无创治疗。始终以“治疗——让病人受伤害更小”为从医理念。自1988年起,带领多学科专家团队研制出具有我国完全自主知识产权的大型治疗设备——“高强度聚焦超声肿瘤治疗系统”及CZF型超声波妇科治疗仪等,实现了“体外对体内疾病治疗”的医学梦想。2000年获得国家技术发明二等奖;2008年获得何梁何利基金“科学与技术进步奖”;2010年获得国家科技进步二等奖。

 

Geometric tools for biomedical image analysis - 清华大学生物医学工程系

时间:5月21日下午3:00
地点:医学科学楼B321
报告人:Tao Ju, PhD (Associate Professor, Department of Computer Science and Engineering at the Washington University in St. Louis)


报告摘要
While medical imaging has afforded a vast and quickly growing amount of spatial data, there is still a significant gap between "image'' and "knowledge''. In my work I explored the use of geometric tools and algorithms to help doctors and medical researchers make better sense of their images. In this talk, I will present two such examples. I will show how geometric skeletons are used to understand 3D biological shapes, from proteins to aneurysms, and how deformable atlases allow comparative analysis of 2D and 3D anatomic images.


Tao Ju is an Associate Professor in the Department of Computer Science and Engineering at the Washington University in St. Louis. He is the Ambassador for MISA to Tsinghua University. He graduated from Tsinghua in 2000 with a Bachelor Degree majoring in English and minoring in Computer Science, and he obtained his M.S. and PhD degrees in Computer Science from Rice University in 2005. He conducts research in computer graphics and bio-medical applications. He has served on the program committees of top-tier conferences including ACM Siggraph and Eurographics, and is currently an associate editor of journals IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, Computer-Aided Design and Graphical Models. He has received a number of grant awards from NSF and NIH, including an NSF CAREER award in 2009.

 

After the talk, a quick introduction about Dept. of Biomedical Engineering of Washington University and research work, together with an introduction of Washington University in St. Louis and its McDonnell International Scholars Program, will be shared by Drs.  Yan LIU and Jiayu LI, respectively.

 

 

 

姓名

录取单位

姓名

录取单位

安子玄

生命学院

朱芮葆

生命学院

崔进

生命学院

白雪

生命中心

董俊凯

生命学院

曹雪雅

生命中心

冯佳颖

生命学院

程稼萱

生命中心

韩鸽

生命学院

邓强

生命中心

胡易

生命学院

方谦

生命中心

金杰

生命学院

韩再铭

生命中心

雷博

生命学院

黄亮

生命中心

李沁

生命学院

黄雪婷

生命中心

李天奇

生命学院

李杰

生命中心

廖一烈

生命学院

李轩

生命中心

齐辉辉

生命学院

廖小燕

生命中心

沈睿

生命学院

刘艾奇

生命中心

田梦

生命学院

吕会云

生命中心

王鹤霖

生命学院

孟晶晶

生命中心

熊思涵

生命学院

莫真

生命中心

徐晖

生命学院

邱辉

生命中心

杨茗

生命学院

曲星凡

生命中心

喻霞

生命学院

任康

生命中心

郑觉非

生命学院

苏子砚

生命中心

芝世鹏

生命学院

王昊天

生命中心

周建杰

生命学院

王婷

生命中心

周菊

生命学院

王洋

生命中心

郜一飞

医学院

王玉

生命中心

罗睿

医学院

魏思婷

生命中心

王位

医学院

闫坤

生命中心

魏嘉程

医学院

于磊

生命中心

熊菲

医学院

余汇宇

生命中心

于广

医学院

张天宇

生命中心

宗兆运

医学院

郑清芸

生命中心

   

朱林

生命中心

 

    以上是经三方招生委员会面试后形成的拟录取名单,之后将进行资格复审,以下情况资格复审不能通过:

   1)录取单位调剂后没有进行有效报名的人员;

    2)自身情况介绍、成绩排名、档案材料以及报名时递交的其他材料中有弄虚作假者;

    3)其他特殊情况。

      资格复审未通过者将被取消录取资格。

     生命学院、医学院基础医学系、清华大学-北京大学生命科学联合中心

                                   2015年10月19日

星期四, 15 10月 2015 07:02

科普教育

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Donec consectetur, nibh ut feugiat placerat, orci lacus accumsan erat, eget porttitor arcu velit a lacus. Sed tempus bibendum risus, nec dignissim sem vestibulum ut. Nam iaculis aliquam elementum. Nunc sed dignissim sapien.

 

星期四, 15 10月 2015 03:24

测试下载2

星期四, 15 10月 2015 03:22

测试下载1

星期四, 15 10月 2015 03:07

生命学院实验室招聘博士后

生命学院刘万里实验室招聘博士后

 

实验室研究方向:

分子免疫学、细胞生物学、疫苗学。应用高速高分辨率的活细胞单分子荧光成像技术,并结合传统的免疫学、生物化学和生物物理研究手段,致力于淋巴细胞功能研究。正在开展的工作包括:(1)淋巴细胞活化的分子机制及调控机制的研究;(2)淋巴细胞异常活化导致的自身免疫疾病及淋巴癌和白血病的研究;(3)免疫记忆的分子机制;(4)淋巴细胞感受机械力的生物学;(5)病原微生物作用于淋巴细胞活化途径的免疫逃逸新机制;(6)构建基于上述知识的新型疫苗和新型抗体药物。

招聘岗位:博士后

应聘条件:

1.        具有生物学、基础医学、光电工程等相关专业博士学位;

2.        工作严谨条理、诚信、有责任心;具备良好的独立科研能力和英文写作阅读能力。

岗位待遇:

按照清华大学博士后管理规定执行,解决博士后期间的子女入托、入学问题;在清华大学博士后的标准薪酬基础上,对于具有优异学术发展潜力的博士后,我们将提供具有国际竞争力的特别资助以及其他相关待遇。

申请方式:

申请人请将一份详细的个人简历(包括推荐人联系方式)发送至该Email地址已收到反垃圾邮件插件保护。要显示它您需要在浏览器中启用JavaScript。

星期六, 10 10月 2015 07:04

陈国强

  

 

陈国强

清华大学 生命科学学院

教授,博士生导师

教育部长江学者特聘教授

 

教育经历

1985年      获华南理工大学学士学位

1989年      获奥地利格拉茨(Graz)工业大学博士学位

1990-1994年 英国诺丁汉(Notthingham)大学和加拿大阿尔伯达(Alberta)大学做博士后研究

1994年      被聘为清华大学副教授

1997年      聘为教授

 

研究方向

 

长期从事“微生物和生物材料”的研究。在国际学术期刊上共发表微生物技术和生物材料相关论文200多篇, Web of Sciences纪录论文被引用八千多次次(H指数为47)。获得授权专利30项,40个公开专利。开发的技术已经在数家公司用于大规模生产微生物塑料聚羟基脂肪酸酯PHA。

 

担任职务

 

清华大学合成与系统生物学中心主任

973“合成生物学”项目的首席科学家。

另担任下面国际国内学术期刊《Journal of Biotechnology》 、《Microbial Cell Factories》、《Biotechnology Journal》、《Plos One》和《中国生物工程学报》副主编。另担任《Current Opinions in Biotechnology》、《Applied Microbiology and Biotechnology》、《Biomaterials》、《Biomacromolecules》、《Artificial Cells, Blood Substitutes and Biotechnology》、《ACS Synthetic Biology》和《Asia Pacific Biotech News》编委 。

 

所获荣誉

教育部长江学者特聘教授、第八届中国青年科技奖、自然科学基金委国家杰出青年、纽伦堡国际发明奖、国家发明二等奖(排名第一)、谈家祯生命科学创新奖、茅以升科技奖、首届闵恩泽能源化工杰出贡献奖、候德傍化工创新奖和教育部高校青年教师奖等。曾连续6年获得清华大学学生“良师益友”的光荣称号,进入清华大学“良师益友”名人堂。连续7年获得清华大学高论文他引的“梅贻琦奖”。

代表论文

 

  1. Dong CL, Webb WR, Peng Q, Tang JZ, Forsyth NR, El Haj AJ and Chen GQ. A 3D collagen hydrogels stem cell tissue engineered formulation basing on growth factor phospholipid complex loaded PHBHHx nanoparticles. Journal of Biomedical Materials Research Part A 103 (2015) 282-288
  2. Yin Jin, Chen GQ. Halomonas spp, a Rising Star for Industrial Biotechnology. Biotechnology Advance 10.1016/j.biotechadv.2014.10.008 (2015)
  3. Guo YY, Shi ZY, Fu XZ, Chen JC, Wu Q and Chen GQ. Enhance General Circular DNA Construction Efficiency by Circumventing Long-Standing Contradictions among Ligation/Assembly and Transformation Steps. Microbial Cell Factories 2015, 14:18
  4. Yin J, Wang H, Gao X, Fu XZ, Wu Q and Chen GQ. Effects of chromosomal gene copy number and locations on polyhydroxyalkanoates synthesis by Escherichia coli and Halomonas Appl Microbiol Biotechnol 99 (2015) 5523–5534
  5. Lv L, Ren YL, Chen JC, Wu Q and Chen GQ. Application of CRISPRi for Prokaryotic Metabolic Engineering Involving Multiple Genes, A Case Study: Controllable P(3HB-co-4HB) Biosynthesis. Metabolic Engineering 29 (2015) 160–168
  6. Meng DC, Wang Ying, Shen Rui, Chen JC, Wu Q and Chen GQ. Production of Poly(3-Hydroxypropionate) and P(3_Hydroxybutyrate-co-3-Hydroxypropionate) from Glucose by Engineered coli. Metabolic Engineering 29 (2015) 189–195
  7. Jiang XR, Wang H, Shen R, Chen GQ. Engineering the Bacterial Shapes for Enhanced Inclusion Bodies Accumulation. Metabolic Engineering 29 (2015) 227-237
  8. Guo YK, Dong JK, Zhou T, Li TY, Zhang WM, Wang LH, Auxillos J, Shen Y, Luo YS, Zheng YJ, Lin JW, Chen GQ, Wu QY, Cai YZ, Dai J The design and construction of standard biological parts for metabolic engineering in Saccharomyces cerevisiae. Nucleic Acid Research (2015) e88.
  9. Chen GQ, Hajnal I, Ma YM, Wu H, Ye JW. Engineering the bacterial synthesis mechanism for diversifying polyhydroxyalkanoates. Trends in Biotechnology 33 (2015) 565-574
  10. Chen GQ, Hajnal I. The “PHAome”. Trends in Biotechnology 33 (2015) 559-564

 

联系方式

 

清华大学生命科学学院,生物新馆101

北京100084,中国

电话:+86-010-62783844

Email: 该Email地址已收到反垃圾邮件插件保护。要显示它您需要在浏览器中启用JavaScript。

第14页 共15页