管委会

中心实行管委会领导下的主任负责制。管委会为中心的最高决策机构，负责中心发展战略和学术方向的确定、执委会任命；年度项目计划和经费预算的审议；其他重大事项的决策以及中心工作的监督等。

机构负责人

主任负责中心的日常运行工作，并定期向管委会汇报情况。中心主任由生命科学学院派员担任，另设执行主任由参与单位派员担任。

清华大学合成生物学中心学术委员会 

王志新院士（主任）：清华大学

杨胜利院士（共同主任）： 中科院上海生科院

赵国屏院士（副主任）：中科院上海生科院

李衍达院士（副主任）：清华大学

学术委员会成员（按姓氏拼音顺序）

蔡志明：深圳第二人民医院

曹竹安：清华大学

陈润生院士：中科院生物物理所 

邓子新院士：上海交通大学、武汉大学

冯雁：上海交通大学

林敏：北京农科院

马延和：中科院天津工业生物技术研究所

欧阳平凯院士：南京工业大学

谭天伟院士：北京化工大学 

汤超：北京大学

杨焕明院士：深圳华大基因

元英进：天津大学

张立新：中科院微生物所

张先恩：中科院生物物理所